一、β多样性分析的概念 Beta多样性指的是样本间多样性。在肠道菌群分析中，Beta多样性是衡量个体间微生物组成相似性的一个指标。通过计算样本间距离可以获得β多样性计算矩阵，...
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16s—β多样性分析（R画三维PCoA图） -
R语言进行PCoA分析
#PCoA 分析在R语言中进行主要依赖于以下得包，进行这个分析得主要可以应用于形态学数据得相似与差异性分析。 library(ade4) library(ggplot2) l...
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R可视化：组间微生物代谢通路前言 组间微生物富集代谢通路常用reporter score表示，在得到reporter score结果后，我们常需要可视化其结果。 Importing data Funct...
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组间差异分析：Metastats
文章来自公众号：微生态与微进化 Anosim、Adonis、MRPP等基于群落的组间差异分析可以快速的对分组的有效性进行评估。然而，有时候我们还想进一步知道不同区组的微生物群...
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菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题？
更多案例分享： 菌群多样性分析能解答哪些科学问题？[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s/o...
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LEfSe寻找组间差异细菌导读 前面介绍过网页版LEfSe的使用方法：用LEfSe寻找组间差异细菌[https://www.jianshu.com/p/35e3f725c554]。今天学习命令行版的L...
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组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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GeNets：发表在nature上的基因组分析网站平台工具2018年6月Nature Methods上发表了一篇关于机器学习分析特定基因集内部关系工具的文章，简单来说就是，通常我们做了差异基因分析得到一个基因集合，然后会用GO/KE...
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R数据可视化: PCA和PCoA图, 2D和3D前言 主成分分析(Principal Components Analysis，PCA)，也称主分量分析或主成分回归分析法，是一种无监督的数据降维方法。PCA通过线性变换将原始...
