一般我们做GSEA都是先进行差异基因分析，然后取差异倍数排序结果进行GSEA。但如果你没有条件进行差异基因分析也可以进行GSEA，这就是ssGSEA(single sampl...
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GSVA + limma进行差异通路分析
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Linux 终端登陆后显示bash-4.2$和（base）的问题问题描述： 同事使用终端时不下心删除了用户下的.bash_profile，然后终端提示符显示的是bash-4.2$， 而不是 [用户名@主机名 路径]$ 的显示方式，问我怎么...
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可变剪切——可变剪接及其表观遗传调控
Original 表观遗传学习小组 Epigenetics表观遗传学 本文根据 2016 年 8 月复旦大学倪挺教授在「表观基因组学暑期国际讲习班」中的报告整理而成，本文采用...
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SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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Python单细胞复现2022||04-绘制Figure 1本次学习资料来源，结合视频观看效果更佳，视频相关代码如下： 视频如下：https://www.youtube.com/watch?v=uvyG9yLuNSE[https://...
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免疫细胞注释-3：B细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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纤维化机制：Myofibroblast的来源和功能1. 简介 纤维化是由肌成纤维细胞在慢性炎症反应中过度沉积细胞外基质（ECM）蛋白引起的疤痕和组织硬化。多种有害刺激（包括毒素、传染性病原体、自身免疫反应和机械应激）能够诱导...
