山东第一医科大学， 青年教师一枚，三代测序技术爱好者。
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大佬，你好，我有nanopore和illumina的数据，怎么进行组装呢？谢谢！
基因组组装项目的十二步建议
1. 建立项目团体 多机构合作，数据和利益共享。 2. 收集目标基因组信息 考虑的因素：基因组大小、倍性、杂合性、GC含量和重复。 数据库查询：fungi (http://w...
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大佬你好，我有ONT数据和illumina数据能用hifiasm、
吗？或者有其他软件能把这两数据组装，谢谢用Hifiasm基于HiFi数据组装基因组：（一）简介Hifiasm软件和HiFi数据
(全文约900字) 1. HiFi数据 HiFi reads（High Fidelity reads）是2019年由PacBio公司推出的基于环化一致性序列（Circular...
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大佬，得到了yml文件和sh文件怎么分析呢？小白看不懂这里两个结果。。感谢感谢
基因组组装之Verkko，实现T2T级别组装（可与hifiasm一较高下）
Verkko是一个用于实现端粒到端粒（telomere to telomere, T2T）基因组组装的新工具。 Rautiainen, M., Nurk, S., Walen...
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您好，请问推断出的state是什么呢？根据什么划分的呢？
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操
轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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大佬，您好，有些问题想问，可以帮忙解答吗？有偿
《Similarity network fusion for aggregating data types on a genomic scale》
链接：https://github.com/yik-cyber/SNFtool[https://github.com/yik-cyber/SNFtool]总结相似融合网络：聚...
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请问大佬，TSCAN论文中关于鲁棒性的测试代码在哪可以找到呢？非常感谢
单细胞轨迹分析之TSCAN
说在前面 单细胞拟时序分析(Pseudotime)是揭示不同细胞之间分化轨迹的重要方式，在很多单细胞测序为主的研究中我们都能见到不同展示方式的轨迹分析。截止到目前，用于拟时序...
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@小潤澤 谢谢大佬，非常感谢
DCA：liquid correlation analysis
前言 这是香港中文大学(深圳)数据科学学院于天维教授的一篇文章《A new dynamic correlation algorithm reveals novel funct...
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@小潤澤 算出ccc.diff后，里面的负值是代表负相关还是没有相关性呢？
DCA：liquid correlation analysis
前言 这是香港中文大学(深圳)数据科学学院于天维教授的一篇文章《A new dynamic correlation algorithm reveals novel funct...
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@小潤澤 感谢大佬，我想问下TROM与pearson类似，可以识别基因与基因的联系吗？我之前用peason算基因间的相关性，效果不太好。。。
从统计学的角度理解RNA-seq
这次是分享李婧翌团队的一篇综述《Modeling and analysis of RNA-seq data: a review from a statistical pers...
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大佬，您好，请问您用过TROM吗？有些疑问想请教
从统计学的角度理解RNA-seq
这次是分享李婧翌团队的一篇综述《Modeling and analysis of RNA-seq data: a review from a statistical pers...
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大佬，您好，LAC是怎样表示基因间的相关性的？越大代表越相关吗？非常感谢
DCA：liquid correlation analysis
前言 这是香港中文大学(深圳)数据科学学院于天维教授的一篇文章《A new dynamic correlation algorithm reveals novel funct...
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大佬，你知道哪错了吗
Monocle2包学习笔记（四）：Differential Expression Analysis
差异基因表达分析是RNA-Seq实验中的常见任务，Monocle2可以帮助我们找到在不同组细胞之间差异表达的基因，并评估这些基因差异表达变化的统计学意义。 Basic Dif...
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VIA（基于与马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)改进相结合的惰性传送随机行走来重建细胞谱系）
VIA 步骤1:对单细胞级图进行聚类，使每个节点代表一个单细胞集群(通过我们的聚类算法parc计算)。得到的聚类图构成了后续随机漫步的基础 第2步:两阶段伪时间计算:(i)伪...
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能用diffusion map进行聚类吗？或者有基于Affinity矩阵的聚类方法吗？谢谢大佬
Diffusion Map在单细胞中的应用
单细胞降维 基于单细胞表达矩阵的降维方式有很多，例如UMAP，t-SNE，PCA等，而Diffusion Map是基于非线性的降维模式。对于单细胞表达谱而言，该降维方法有利于...
