enrichplot包实现了几种可视化方法来帮助解释富集结果。它支持从DOSE (Yu et al. 2015)、clusterProfiler (Yu et al. 201...
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enrichplot||基因富集结果可视化解决方案 -
R绘图_ggsignif添加显著性标识R绘图做生物学显著性统计，然后添加显著性标记，但是都是手动，比较繁琐，好在ggplot2有个扩展包ggsignif，提供更加人性化的方法。 参数说明：y_position： ...
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GWAS之表型最优无偏预测（BLUP)与遗传力计算表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合，去除环境效应，得到个体稳定遗...
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群体遗传学习笔记-基因型缺失数据的填充
Genotype Imputation是在高通量测序中常出现的定义，按照义译就是基因型填充。要真正理解imputation这个概念，我们就需要先理解基因型缺失（genotyp...
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群体进化-GWAS分析
群体进化-gwas分析 群体进化基础分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一种使用最广泛的数据...
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群体遗传学与重测序分析分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果说常规的遗传学主要的研究对象是...
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群体遗传学习笔记-基础知识
群体遗传学介绍 传统群体遗传学是基于观察到的等位基因频率与预期频率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能会看到有性繁殖的二倍体个体群体，而且这些种群没有重叠...
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mac下安装SNPhylo遇到的坑
SNPhylo官方地址、安装使用指南 1.在官方手册里，要在mac 的home目录下建一个foo文件夹 问题：终端会报错，没有操作权限 解决办法：要注释掉auto_maste...
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Installing SNPhylo on Linux
这里不写SNPhylo具体安装过程，官网有详细教程,主要谈遇到问题及解决思路。 问题是，给出R package 安装目录那一步，无论是给出安装目录（R中利用library可调...
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@Ray钱 谢谢我已经解决问题了。/Users/apple/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/ascp
在Mac 和windows上用 Aspera Connect下载NCBI Sra数据
做生信分析在NCBI上下数据是第一步，不一定非要用linux下，装好sratools和Aspera Connect和都没问题。在这里NCBI SRA Toolkit找属于你版...
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Mac下用aspera上传重测序数据遇到的坑
关于Mac aspera的问题，困扰了几个月。 1.没有此目录 解决办法：添加环境变量 2.string not in pwd 找了很久，这样可以解决： /Users/app...
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请问一直显示 /Users/apple/Applications/Aspera: No such file or directory是什么原因呢
在Mac 和windows上用 Aspera Connect下载NCBI Sra数据
做生信分析在NCBI上下数据是第一步，不一定非要用linux下，装好sratools和Aspera Connect和都没问题。在这里NCBI SRA Toolkit找属于你版...
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在Mac 和windows上用 Aspera Connect下载NCBI Sra数据
做生信分析在NCBI上下数据是第一步，不一定非要用linux下，装好sratools和Aspera Connect和都没问题。在这里NCBI SRA Toolkit找属于你版...
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我把过程加进文章里
graphPad prism学习第一天
教程是基迪奥的graphPad prism入门，跟着学习了带gap的条形图绘制，熟悉界面和操作后，试着自己作了下分组条形图。 带gap的条形图 1 创建new project...
