在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函数...
IP属地：福建
-
Seurat的打分函数AddMouduleScore -
Seurat包的打分函数AddModuleScore
在单细胞数据分析的过程中，Seurat包提供了一个为一个基因集打分的函数AddModuleScore（自定基因集），为基因集进行打分常见的富集分析软件GSVA，今天我们来看看...
-
SCENIC单细胞转录因子分析介绍及操作| 1. 简介 SCENIC[http://www.360doc.com/content/21/0322/18/15690396_968318453.shtml]（singl...
-
SCENIC单细胞转录因子分析1. 简介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一个基于共表达和motif分析，计...
-
monocle细胞轨迹追踪原理我们用seurat选取HVG来进行细胞轨迹推断，并且过滤了一些低质量的细胞 加载相应的工具包 本文的数据和预处理来源于：单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操...
-
Harmonypy解析scanpy也可以使用harmony，但是其实调用的Harmonypy这个包,其实使用的话倒是比较简单，就是下面这些命令，但是我不是很关心这个，关键是它怎么写的Fast, s...
-
mtSC：整合多参考数据集进行单细胞亚群注释说在前面 在单细胞数据分析流程中，细胞亚群注释的准确性一直都是重中之重，生信宝库在之前的推文：一文解决单细胞亚群注释的所有问题[https://mp.weixin.qq.co...
-
单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。 SC...
