trim-galore + hisat2 + featureCounts
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10x单细胞数据上游分析
1. 下载cellranger, 这里下载的是6.0最新版本 2. 下载cellranger专用的参考基因组, 10x官网提供了小鼠和人的参考基因组信息, 包括gtf, fa...
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项目部署 nginx + uwsgi + flask/django 踩坑记录一下在腾讯云上部署项目nginx + uwsgi + python-flask/django 软件版本 python 3.6 flask lastest django 1...
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plotly for R简介 交互式绘图工具, 提供python, R, js接口, 以R接口为例 api类似, 需要注意在参数中涉及子项的在R中使用列表, 在python中使用字典 支持管道符操作...
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ComplexHeatmap里面pheatmap函数，不是pheatmap包里面的
ComplexHeatmap绘制复杂热图
pheatmap交互 最近ComplexHeatmap更新可以将pheatmap对象进行参数转换。新增的ComplexHeatmap::pheatmap()的功能与pheat...
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RRBS Bismark methylKit0.质控 1.建立亚硫酸盐基因组index 2. 比对 输出结果有两个重要文件，一个bismark_bt2_PE_report.txt，一个bismark_bt2_pe.ba...
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GENIE3——一款预测基因调控网络的R包
在网上随意浏览的时候，无意间发现另一种可以构建调控网络的软件，叫做GENIE3。这是一个R包，直接在R里运行。这款R包基于你的表达矩阵来推测基因之间的调控关系。 虽然共表达网...
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【文献解读】-单细胞调控网络的推理和聚类（SCENIC）SCENIC是一种同时重建基因调控网络并从单细胞RNA-seq数据中鉴定stable cell states的工具。基于共表达和DNA模基序 （motif）分析推断基因调控网...
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2019-08-26用ggplot2画“美图”A ggplot2 Tutorial for Beautiful Plotting in R 原文见https://cedricscherer.netlify.com/201...
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还在用PyCharm写Python，Visual Studio Code不香吗？
众所周知PyCharm是一个强大的编辑器，但是他的强大成为了他的弱点，占用运行内存大，内存经常爆棚。而且还收费，PJ不稳定。 不如来尝试一下Visual Studio Cod...
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您好，非常感谢您的分享，我最近刚接触chip实验，我想请问一下如果提供control组的话是不是在callpeak的时候直接call处理组和control组中存在差异的峰了，会存在上调或下调的情况吗？后续还需要进行类似diffbind这种差异分析吗
第3篇：用MACS2软件call peaks
学习目标： 学会用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的结果 Peak Calling Peak calling即利用计算的方法找出ChIP...
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R语言学习笔记_06
方差分析 以焦虑症治疗为例，现有两种治疗方案：认知行为疗法（CBT）和眼动脱敏再加工法（EMDR）。我们招募10位焦虑症患者作为志愿者，随机分配一半的人接受为期五周/六个月的...
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RNA-seq snakemake 自动化流程教程很多，随便列两个，强烈推荐学起来，没有python基础也可以搞定 参考1参考2Snakemake搭建生信分析流程-简介snakemake使用笔记[转]snakemake-...
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GSVA + limma进行差异通路分析
一般我们做GSEA都是先进行差异基因分析，然后取差异倍数排序结果进行GSEA。但如果你没有条件进行差异基因分析也可以进行GSEA，这就是ssGSEA(single sampl...
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matplotlib 入门之Sample plots in Matplotlibmatplotlib教程学习笔记 这部分给出一些简单的示例。 Line Plot matplotlib.axes.Axes.plotmatplotlib.pyplot.plo...
