5feb886120f5

最近看了不少统计基因组方面的资料，以为懂了，其实懵逼。实在是因为统计学基础太菜，似懂非懂，似是而非。记录下自己的理解，求轻喷。 1.GWAS模型 GWAS是表型和基因型之间的...

5feb886120f5

根据前面讲的（第5），这里增加多性状模型。 1 多性状动物模型主要用于以下情况： 问题：计算复杂解决：需要好的计算算法和 计算机eg:Canonical transforma...

5feb886120f5

Weigel, K.A., VanRaden, P.M., Norman, H.D., and Grosu, H. 2017. A 100-Year Review: Meth...

5feb886120f5

继续分享好的学习资料。 只有对自己有帮助的，才是对别人有帮助的。-------这是哪个人说的来着？？？ PPT 链接：http://nitro.biosci.arizona....

5feb886120f5

目录 1 内存 2 近交 获得多样性的总体衡量标准。 近交系数 —— Fi 近交系数可以监测遗传多样性和获得准确的准确性。A和G矩阵的 Fi计算简单，公式如下： H矩阵的Fi...

5feb886120f5

之前遇到这样一个绘图需求：能够展示一群细胞的两种分类方式的比例；我就联想到一种类似于两个饼状图叠加的方式展示(暂且我就叫双环图吧)。于是搜索了下，相关R包及用法如下参考教程：...

5feb886120f5

需求是推动探索的重要动力！在学习的路上，很多东西都是从需求出发的！带着目的去探索，能够更快地找到与之对应的解决方法。上个周，同学问我能不能画这样一个图： 大概的意思就是先展示...

5feb886120f5

GWAS质控对于后续关联分析及曼哈顿图和QQ图的结果至关重要，本文参考多种资料，试图评价质控对结果的影响，为大家分析GWAS结果做一个参考。 首先文献中认为从成千上万的病例和...

5feb886120f5

GWAS简介 GWAS（Genome-wide association study）是对遗传多样性丰富的自然群体的每个个体进行基因组测序，结合目标性状的表型数据，基于一定的统...

5feb886120f5

关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...

5feb886120f5

本文转载于百迈克云(https://www.sohu.com/a/234594093_761120) 在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的...

5feb886120f5

在GWAS研究中，Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图，它们可以把跟研究的性状（比如，基因型和身高）显著相关的基因位点清晰地展现出来，不少读者朋友应该...

5feb886120f5

刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...

5feb886120f5

Bioconductor 中有三种主要的注释类型： Gene centric (以基因为中心)AnnotationDb packages:Organism level: e....

5feb886120f5

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后，优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后，请坚持看完 1、GWAS4D, 推荐指数：**** 网址：htt...