我们已经知道scanpy是一个由Python组织的功能强大的单细胞数据分析工具，用的顺手的同时，我们不禁要问：她是如何组织的？ 于是，我们尝试阅读他的源代码。在此之前我们要知...
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scanpy源码浅析：或谈python面向对象结构 -
为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据在我们涉足单细胞数据分析不久之后就会发现，我们在和一套新的理念打交道。在这套理念中，对象是常见的，数据是多维的，往往是一张核心表及其附属。我们对一张表是熟悉的，Excel极大...
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B细胞亚型及其Marker
B Cell TypeMarkerCellular localizationB cell (all except plasma cell)IgM, CD19SecretedA...
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探索人类肠道免疫细胞图谱https://www.gutcellatlas.org/ 下载h5ad格式的文件，我们一看应该用scanpy来分析啊，所以我们： 看看数据格式，大部分的分析已经为我们做好了...
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Cell-Cell Interaction Database|| 单细胞配受体库你还在文章的附录里找吗？Cell-Cell Interaction Database ： https://baderlab.org/CellCellInteractions#ref6 Cell-Ce...
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10xgenomics单细胞定量软件 ||cellranger 4.0 新特性单细胞数据分析工具的特点： 集成化：端到端的解决方案 商业开源：上游公司引领工具开发 数据驱动：几乎都是从表达谱做起 迭代快：版本更新，新工具依然增长快 教程完备：step ...
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为了找marker我进了两家外企不巧的时候，我们拿到marker list并不知这一群的marker是什么，于是有人建议我们去搜索文献，这是一件大事啊。其实在传统的时代，已经有了很多marker，称之为经典...
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单细胞PBMC经典细胞类型marker背marker list 不要贪多哦，要慢慢地背，一个一个一个地背，然后背了再很快地忘记，如此反复。 外周血单个核细胞（Peripheral blood mononucle...
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你好啊，jupyterjupyter 简史 jupyter 是一个开源的web应用程序，允许我们创建和共享包含实时代码、方程式、可视化和叙述性文本的文档。用途包括:数据清理和转换，数值模拟，统...