我们已经知道scanpy是一个由Python组织的功能强大的单细胞数据分析工具，用的顺手的同时，我们不禁要问：她是如何组织的？ 于是，我们尝试阅读他的源代码。在此之前我们要知...
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scanpy源码浅析：或谈python面向对象结构 -
为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据在我们涉足单细胞数据分析不久之后就会发现，我们在和一套新的理念打交道。在这套理念中，对象是常见的，数据是多维的，往往是一张核心表及其附属。我们对一张表是熟悉的，Excel极大...
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B细胞亚型及其Marker
B Cell TypeMarkerCellular localizationB cell (all except plasma cell)IgM, CD19SecretedA...
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探索人类肠道免疫细胞图谱https://www.gutcellatlas.org/ 下载h5ad格式的文件，我们一看应该用scanpy来分析啊，所以我们： 看看数据格式，大部分的分析已经为我们做好了...
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Cell-Cell Interaction Database|| 单细胞配受体库你还在文章的附录里找吗？Cell-Cell Interaction Database ： https://baderlab.org/CellCellInteractions#ref6 Cell-Ce...
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10xgenomics单细胞定量软件 ||cellranger 4.0 新特性单细胞数据分析工具的特点： 集成化：端到端的解决方案 商业开源：上游公司引领工具开发 数据驱动：几乎都是从表达谱做起 迭代快：版本更新，新工具依然增长快 教程完备：step ...
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为了找marker我进了两家外企不巧的时候，我们拿到marker list并不知这一群的marker是什么，于是有人建议我们去搜索文献，这是一件大事啊。其实在传统的时代，已经有了很多marker，称之为经典...
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单细胞PBMC经典细胞类型marker背marker list 不要贪多哦，要慢慢地背，一个一个一个地背，然后背了再很快地忘记，如此反复。 外周血单个核细胞（Peripheral blood mononucle...
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你好啊，jupyterjupyter 简史 jupyter 是一个开源的web应用程序，允许我们创建和共享包含实时代码、方程式、可视化和叙述性文本的文档。用途包括:数据清理和转换，数值模拟，统...
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NGS产品经理篇：新媒体运营心得记得我们在文章 中提到：科技服务不是别的，就是技术的输出与转移。既然如此，就需要一个媒体窗口。早些时候我们发传单，混博客，开展会，现如今我们开始全方面的新媒体。君不见，在科技...
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GO数据库20年The Gene Ontology Resource: 20 years and still GOing strong 基因本体资源(GO;(http://geneontol...
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读《众病之王的解决方案》||癌症是一种慢性病第一次知道浙大王立铭老师是因为《上帝的手术刀：基因编辑简史》，后来在得到APP看到他的课程，也参与过他的一些直播课。今天我们就来看看他的一门科普课：众病之王的解决方案。 在这...
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癌转移相关基因
Metastasis suppressor genes Metastasis suppressorMechanism of actionAKAP12PKA regulatio...
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周运来，男，长大了才会遇到的帅哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。一段生信缘，一棵技能树。生信技能树核心成员，单细胞天地供稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。
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这些数据要留意呀，发SCI的神器
有些临床医生总是到处找数据库进行数据挖掘，却忽略自己身边的病例数据，如果能收集到这些数据，发SCI就简单了，剩下的事情就是复制、粘贴代码的事情。下面介绍的文章就是这样干的，收...
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从投稿到接收只用26天，这本出版纯生信的期刊值得关注
有粉丝想找一本明确接收纯生信数据挖掘的，而且影响因子在2-3分左右，知名度不高而又不在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上的期刊，还有就是审稿速...
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不做生信、不做meta，零科研经费就能轻松发6.6分SCI临床医生发SCI的方法有很多种，有科研经费的可以做实验，没有科研经费的可以做纯生信数据挖掘、meta分析、病例报告等等。现在还有一种不用任何科研经费就可以发SCI的方法，那就...
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看这里，可以让你的纯生信SCI少走弯路
纯生信SCI选刊好重要，一定要避开一些不接收纯生信SCI的期刊，在投稿之前一定要查清楚，不然只能白白浪费时间，多走很多弯路，浪费不必要的时间和精力。 例如有一粉丝之前投了Fr...
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做了这么久生信，还记得meta分析的操作吗？
记得在5年前，生信数据挖掘还没有流行起来，身边的人都是在做meta分析，学习meta分析的人特别多，举办meta分析培训班的人也很多。后来meta分析进入了很多单位的黑名单之...
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如何找到适合自己的纯生信友好期刊呢？
有粉丝问：如何找到适合自己的纯生信友好期刊呢？这就需要从以下五方面进行考虑： 第一，就是单位政策 有些科研水平高的单位往往都会建立期刊黑名单，目的就是不想让你们发这些期刊，不...
