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2022新版TCGA数据下载与整理2022年4月份TCGA进行了更新，测序数据变成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，现在变成star_gene_counts....
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Kraken使用手册
Introduction Kraken 是可将分类标签分配给DNA序列的一种序列分类器，是基于k-mer精确比对，并采用最低公共祖先(lowest common ancest...
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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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conda的安装与使用（2021-04-27更新）存档版
2021-04-27 update: 更新了提供conda镜像的大学的列表2021-04-13 更新预告: 本来打算在阅读量过40万的时候更新一遍新的内容的. 但是时间精力实...
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conda的安装与使用（2021-04-27更新）
转自：卖萌哥[https://www.jianshu.com/u/77fc519c6fa2] 2021-04-27 update: 更新了提供conda镜像的大学的列表 20...
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组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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16S测序分析（四）用MaAsLin寻找组间差异细菌导读 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多变量线性回归模型）功能：相关性分析特点：多表型同时分析，矫正协变量数据输...
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16S测序分析（三）用LEfSe寻找组间差异细菌导读 前面已经介绍了获取菌属相对丰度表的方法，以及多样性分析中的基本概念和计算方法。接下来将开始介绍一种寻找组间差异细菌的常用方法LEfSe。LEfSe（Linear dis...
