单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1. 单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目标基因集（...
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单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程 -
使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十四章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十二章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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单细胞CNV分析——inferCNV 结果再挖计算每个细胞的CNV score或者判断每个细胞是否是癌细胞 文献《Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heteroge...
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基于单细胞测序的蛋白活性推断（PISCES）分析流程笔记，凎！
写在前面 感谢califano-lab[https://github.com/califano-lab]团队将代码无私的分享出来=。=！ 本流程需要一点点R语言与linux基...
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相关性分析 | R语言 -- 相关性矩阵及可视化感谢各位简友一直的关注。 请关注：感谢陪伴[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjY2NTA2Nw==&mid=2247483891&...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Transcript-level expression analy...
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IsoformSwitchAnalyzeR 可变剪切分析曾经我用 rMATS 进行可变剪切分析，现在我觉得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香。 IsoformSwitchAnalyzeR 功能总结如下。 In su...
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KM生存分析如何取最佳的cutoffKM生存分析 如何取最佳cutoff KM生存分析中通常取中位值作为cutoff，但也并不一定是这样 必要时可以选择最佳的cutoff值，如何实现？ ### survival...
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R做GSEA富集分析首先感谢Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析优点是在线爬取数据，结果很可信，但是缺点也是网络问题，网络差点就要等很久，不过GSEA有自带GMT文件，因此下载好...
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R语言入门笔记5-数据整理dplyr包
根据dplyr包的帮助文档，来学习dplyr包 示例数据集：nycflights13包中的flights 函数：filter():根据变量对数据进行过滤筛选arrange()...
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生信小白教程之Count转TPM，FPKM相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。 然而，然而，，我们得...
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R-ggplot2-箱图系列（2） 注释P值与组间比较R-ggplot2-箱图系列（1） basic - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/bafbd08b28ef]R-ggp...
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conda 迁移环境
更换pc后重建conda环境如果一个一个软件包安装是一个十分麻烦的事情。 conda提供了命令 将当前环境下的所有依赖存储在env.yaml中 以上为一个示例，注意当需要更换...
