绘图过程反复出现Error in grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, : polygon...
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2021-05-25_R 绘图中字体问题
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简单直观地理解非负矩阵分解NMF我对NMF的理解是一个反反复复的过程，时懂时不懂，因此在这里简单记录下我目前清醒的认知。 NMF的基本思想可以简单描述为：对于任意给定的一个非负矩阵A，NMF算法能够寻找到一...
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Lou_5df0 ·
这个包的scaledata中有个默认参数features是用高变基因进行scale，所以会只有2000。可以这么做：myda2<- ScaleData(mydata, features = all.genes)
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我也出现了这种问题。看了github大概就是BLAS库的问题，要从mkl switch到Openblas，这个不好切，需要root权限，我也不知道openblas和mkl是否兼容。你可以新建一个conda环境重新装个R，总计我是切了conda环境跑成功了。
Error in irlba(A = t(x = object), nv = npcs, ...): BLAS/LAPACK routine 'DLASCL' gave error code -4
跑了几百遍seurat的单细胞流程了，今天竟然遇到RunPCA()时候报错。先用google后用 百度，最后换必应终于搜索到irlba github上 issue part ...
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单细胞笔记5-tSNE和UMAP降维 降维顾名思义就是把数据或特征的维数降低，一般分为线性降维和非线性降维，比较典型的如下： 线性降维：PCA(Principal Components Analysis)、...
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tSNE和UMAP的区别
这一篇是我的学习笔记，先附上学习链接：https://mp.weixin.qq.com/s/qkbc1vz-ERHzGp8gfLiVsg 首先，这是两种降维的scRNA-se...
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R数据分析 利用dplyr包将已有的数值列转换为百分数列
数据分析中, 我们有时候会有这样的需求, 比如将已有的数值列,转化为百分位列。 Case study1: 比如说我们有如下表格，代表了ATGC四种碱基的绝对个数。 我们现在想...
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Python单细胞复现2022||03-多样本整合分析单个样本分析接上一篇：Python图文复现2022||02-数据介绍与下载[https://www.jianshu.com/p/51e49633a2a7]，结合视频观看效果更...
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Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanpy对象的转化Seurat官网：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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初学SingleCellExperiment对象SingleCellExperiment是通过SingleCellExperiment包创建的单细胞数据分析对象，已有几十个单细胞R包支持。其衍生自SummarizedExp...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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sctransform预处理后，如何进行差异表达分析一、seurat执行差异表达分析 根据单细胞数据预处理的方式不同（lognormalize和sctransform），执行差异表达分析代码有所不同，这个需要注意。我当时请教过...
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SCpubr包：让你的单细胞测序分析图表更加高级好看，代码实操分享该R包由国外友人Enblacar完成，目前处于预印本阶段，旨在提供一种简化的方式，为已知的单细胞可视化生成可发布的图形。与“审美愉悦”一词一样主观，这是一组跨不同情节类型实施...
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多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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Minimap2（2.20）使用记录
文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/lh3/minimap2#general[https://github...
