本文将介绍DNA、RNA的保存策略，顺带提及细胞的保存方法。 一、DNA的保存 DNA为双螺旋结构，具有较高稳定性，但在野外样品采集的过程中仍需注意，以防降解。下面介绍以测序...
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分子（DNA、RNA）样品的保存
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纯洁而又邪恶的芸香科家族
本文章首次发表于2018年7月29号 天气预报的温度一爬上30度，我就不是我了，我大概是个李哈哈小姐干。昨天去爬山，想寻找点新的有趣的植物，然而高温让我停止思考。 满脑子就想...
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2022-03-02 关于为什么Fst值在不同软件中计算的结果有异
来自researchgate[https://www.researchgate.net/post/Why_do_Fst_values_from_Arlequin_differ...
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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2021-12-14 群体遗传学部分概念记录
来源： 群体遗传进化名词解释[https://www.omicsclass.com/article/1337]部分概念未经确认，注意甄别 1. 等位基因频率 等位基因频率是群...
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八. SNP检测和进化分析（Snippy）
一. 简介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心SNP，进行比对构建进化树。 ...
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shell中各种括号的作用②：${}、##和%%使用
这篇文章主要介绍了Shell中的${}、##和%%使用范例，觉得不错，保留下来。 假设我们定义了一个变量为： 可以用${ }分别替换得到不同的值： 代码如下: 记忆的方法为：...
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2021-11-01 htop详解参考：htop - 强大的进程管理工具[https://blog.51cto.com/13683137989/1893953]top与htop字段解释[https://www...
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2021-10-29 创建conda新环境
参考https://www.jianshu.com/p/78b56fa23255[https://www.jianshu.com/p/78b56fa23255] 需要尝试St...
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使用stack分析RAD-seq一次简化基因组数据分析实战 尽管目前已经有大量物种基因组释放出来，但还是存在许多物种是没有参考基因组。使用基于酶切的二代测序技术，如RAD-seq，GBS，构建遗传图谱是研究...
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植物基因组学-fastp进行高通量测序数据的质控对于各位小伙伴来说，无论是自己独立进行高通量测序数据分析，还是解读公司的测序结果，一个必须要面对的情况就是高通量测序数据的质量控制，又称Quality Control。照顾到...
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在linux中构建基因进化树
首先利用muscle进行多序列比对：“muscle -in 序列文件.fasta -out 输出的比对结果文件.fasta”。 再利用raxml进行进化树构建：“/pub/a...
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Phylogenomic_Tutorial || ML_Tree inferenceGithub/mmatschiner的phylogenetic & phylogenomic学习教程记录【一】多序列比对；核算替换模型的选择；最大似然法建树的学习 [TOC]...
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2021-01-11 Linux文件目录的通配符用法
来自 【一些小常识】Linux文件目录的通配符用法/*[https://www.cnblogs.com/muzipaopao/p/11310958.html] 1.单独的“*...
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2020-12-16 seqkit分割phylosuite下载的sequence文件
使用phylosuite下载的多个序列保存在一个文件中，名为sequence.fas可以使用seqkit将其分割为只包含一条序列的单个文件 此处使用的是split命令 在本次...
