说在前面 在国内做生信的小伙伴或多或少都听过一个大名鼎鼎的名字---Y叔，想当初小编初入生信大门时还专门百度查了一下，他就是南方医科大学生物信息学系主任余光创教授。Y叔在国际...
发简信
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富集分析天花板之ClusterProfiler4 -
测序结果概览：基因表达量rank瀑布图，高密度表达相关性散点图，注释特定基因及errorbar的表达相关性散点图绘制这是ggplot2可视化专题的第一个实例操作 ggplot2的基本思路见前文总论：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体策略...
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配对样本基因表达趋势：优化前后的散点连线图+拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第三个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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各物种转录组数据下载和可视化一、🌽 玉米: ZEAMAP[http://www.zeamap.com/zmap_tissue_expression]，需要注册才能下载tsv数据。Zeamap Tissu...
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【群体遗传学】 π （pi）的计算
杂合度 heterozygosity 某个位点的第个等位基因的样本频率为，那么该位点所有等位基因的频率和应该是1。先考虑二倍体的双等位基因，那就是。衡量单个多态位点变异（va...
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RNAseq常规流程转录组分析是生信分析的一个基础和常见的分析流程，一般从下机数据开始，经过一系列的质控，基因组比对，差异分析等过程得到实验组与对照组（或者肿瘤中的转移组和原癌组）中差异表达的基...
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM tools 课上已经用sudo a...
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简短介绍下如何用GCE确定GWAS阈值
GWAS大家都很熟悉了，随着目前越来越多的重测序文章的发表，可见如今SNP数据是非常的丰富，以及GWAS也发展了15年了，如今到了一个后GWAS时代。GWAS我也做了很多了，...
