我们要实现下面这张图，这是一张10X空间转录组分析得到的图 这张图可以展示基因的区域表达情况，也可以表示10X单细胞和10X空间转录组联合之后，每种细胞类型在各个区域的分布情...
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10X空间转录组的画图操作（基础知识） -
【10X空间转录组Visium】（四）R下游分析的探索性代码示例旧号无故被封，小号再发一次 更多空间转录组文章： 1. 新版10X Visium 【10X空间转录组Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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loom文件转换成seurat对象GEOdatabase下载了一个.loom文件，想要用一下这个数据，折磨了一周，终于成功的将它转换成了seurat对象，现记录如下：数据为GSE162183，地址：https...
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10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNA Velocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学...
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借个楼。刚刚安装成功，师弟说可以直接conda安装，确实如此
conda install -c bioconda r-monocle3
进入R
library(devtools)
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')monocle3 的安装
monocle2在解决细胞轨迹排布结果可读性上确实让人欢喜，但monocle2有个致命的确定，就是分析的细胞数目有限，最近在分析一个65000多个细胞时的数据量时，在orde...
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10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之基因开关（GeneSwitches）hello，大家好，今天给大家分享的是，拟时序轨迹分析软件中对轨迹关键驱动基因的下游分析，挖掘拟时序分化轨迹开关基因的分析，这个方面大家应该都不陌生，文章在GeneSwitc...
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10X单细胞（10X空间转录组）做WGCNA分析的智慧hello，大家好，今天给大家分享一些10X单细胞（10X空间转录组）做WGCNA分析时的一些东西，个人认为很重要，不过不得不承认的是，10X单细胞（10X空间转录组）做WG...
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单细胞转录组WGCNA到底应该怎么做？在做单细胞转录组数据分析的时候，获得分群后我们希望知道每个群的marker基因是什么以此来描述细胞群的特征。其技术本质就是利用某种规则获得样本（高変基因）或者每个亚群（差异基...
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多个切片的空间转录组基因表达图（tsne降维图/空间分布图）修改颜色一、加载包 二、下载测试数据 三、合并多个切片，同时进行基础分析 四、绘制基因表达的tsne图,也可以画umap图，看个人喜好 五、绘制基因空间分布图
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【10X空间转录组Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空间转录组结果的代码实操旧号无故被封，小号再发一次 更多空间转录组文章： 1. 新版10X Visium 【10X空间转录组Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
