RoaringBitmap 的实现原理RoaringBitmap 的核心思想是将整数集合划分为 块（chunk），并根据每块的稀疏程度选择不同的存储格式。 分块（Chunki...
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RoaringBitmap
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coitrees 用于管理和查询区间数据
使用 coitrees 的方法 构建 COITree 你可以使用 COITree::new 方法来创建一个新的 COITree。首先，你需要准备一个包含 Interval 的...
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逛逛第五届北京生态食品展 --- 林产品前言 随着人们对健康生活的重视，生态食品的需求日益增长，特别是在森林资源丰富的中国，林产品以其独特的营养价值和生态优势，受到了越来越多消费者的青睐。第五届北京生态食品展不仅汇...
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NCBI官方真核生物全基因组注释流程首次开源！尝鲜体验踩坑贴奉上~萌哥碎碎念：NCBI的官方注释流程一直都是出了名的效果拔群准确度极高，但可惜一直都是非开源的，看到这么好用的工具却用不到自己的项目里，心里可太刺挠了。终于！最近NCBI开源了...
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GEDI_01B数据读取与森林冠层高度提取前言 对森林高度进行持续的大尺度监测，对于估算森林碳排放、分析森林退化情况以及量化森林恢复措施的效果具有重要意义。星载激光雷达GEDI（Global Ecosystem Dy...
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【林业应用】基于机载激光雷达单株树高测算前言 在森林资源调查中，单株树的胸径似乎比树高更为重要。调查时通常会对每株树测量胸径，但不一定会测量树高。这是因为树高相对较难测量。经验丰富的林业调查员通常通过目测估算，或使...
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faSplit 用法
downloadwget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/faSplit[https://hgd...
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机器学习/深度学习与基因组学资源搜罗
作为一个genomics方向的研究者，在AI的浪潮中总是避免不了焦虑。担心被时代抛弃。 在以前，不识字的我们称之为文盲；再后来，英语不好是地球村的文盲；接着到了信息时代，不会...
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我本科学的林学，硕士做的生物学。现在看你的博客，有一股好熟悉的感觉。
【林业应用】GIS小班区划
小班区划 小班划分的原则是每个小班内部的自然特征基本相同并与相邻小班又有显著的差别。这些差别表现在调查因子上。也就是说，调查因子的显著差异是区划小班的依据。因此小班区划的前提...
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老哥，专业啊
【林业应用】GIS小班区划
小班区划 小班划分的原则是每个小班内部的自然特征基本相同并与相邻小班又有显著的差别。这些差别表现在调查因子上。也就是说，调查因子的显著差异是区划小班的依据。因此小班区划的前提...
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关于多基因组CRE-orthologues鉴定
对于多基因组CRE鉴定，文献给予了方法， To identify orthologues of the 52,169 sugar glider candidate cis-r...
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根据突变速率进行EDTA结果的LTR插入时间换算
EDTA是一个非常好的转座子注释流程，并且它有一个功能是可以根据突变速率推算LTR插入时间。然而，这个软件如果不设置参数--u的话，会使用禾本科的默认插入时间1.3e-8来计...
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ntSynt 鉴定基因组共线性区块，并可视化然后得到 ntSynt.k24.w1000.synteny_blocks.tsv 使用 NGenomeSyn -InConf fig -OutPut 画“共线性图”
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检查一下你的注释文件，mRNA 和 gene 类型
GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列
首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 参数（能区分正反链...
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