前言 随着人们对健康生活的重视，生态食品的需求日益增长，特别是在森林资源丰富的中国，林产品以其独特的营养价值和生态优势，受到了越来越多消费者的青睐。第五届北京生态食品展不仅汇...
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逛逛第五届北京生态食品展 --- 林产品 -
NCBI官方真核生物全基因组注释流程首次开源！尝鲜体验踩坑贴奉上~萌哥碎碎念：NCBI的官方注释流程一直都是出了名的效果拔群准确度极高，但可惜一直都是非开源的，看到这么好用的工具却用不到自己的项目里，心里可太刺挠了。终于！最近NCBI开源了...
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GEDI_01B数据读取与森林冠层高度提取前言 对森林高度进行持续的大尺度监测，对于估算森林碳排放、分析森林退化情况以及量化森林恢复措施的效果具有重要意义。星载激光雷达GEDI（Global Ecosystem Dy...
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【林业应用】基于机载激光雷达单株树高测算前言 在森林资源调查中，单株树的胸径似乎比树高更为重要。调查时通常会对每株树测量胸径，但不一定会测量树高。这是因为树高相对较难测量。经验丰富的林业调查员通常通过目测估算，或使...
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机器学习/深度学习与基因组学资源搜罗
作为一个genomics方向的研究者，在AI的浪潮中总是避免不了焦虑。担心被时代抛弃。 在以前，不识字的我们称之为文盲；再后来，英语不好是地球村的文盲；接着到了信息时代，不会...
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关于多基因组CRE-orthologues鉴定
对于多基因组CRE鉴定，文献给予了方法， To identify orthologues of the 52,169 sugar glider candidate cis-r...
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根据突变速率进行EDTA结果的LTR插入时间换算
EDTA是一个非常好的转座子注释流程，并且它有一个功能是可以根据突变速率推算LTR插入时间。然而，这个软件如果不设置参数--u的话，会使用禾本科的默认插入时间1.3e-8来计...
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NextPolish2：一种针对HiFi数据组装的基因组碱基矫正算法利用二代测序比三代测序碱基质量值更高的特点，对三代数据组装结果进行polish。 但是不能简单根据比对BAM文件来矫正。这里作者把 HiFI数据重新比对回基因组，计算哪些位点...
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samtools faidx
samtools faidx 是一个建索引的命令，那为什么要给参考基因组建索引呢？ 想象一下你有一本非常厚的书，但这本书没有目录。如果我让你找到某一个特定的章节，你可能需要从...
