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单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用作者，Evil Genius 新的一周，主要这周开始世界杯开赛了，看比赛的时间多了一点，个人喜欢德国队，不知道大家对世界杯有没有兴趣。 今天的文章我们来分享一点新的内容。文章...
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单细胞空间数据分析人类胚胎肺细胞异质性的发育起源作者，Evil Genius 好了，开始这篇的内容。 文章信息A topographic atlas defines developmental origins of cel...
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单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用2作者，Evil Genius 阳了个阳，出门在外，注意保护自己。 本篇参考文章Effect of the intratumoral microbiota on spatial...
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在原有的UMAP上标注RNA velocity
1.读入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的图。 3.将RNA velocit...
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从0开始，包括软件安装，环境设置，原始数据下载，转换，差异基因分析等整个流程
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大神，I1，R1,R2的数据我看别的介绍可以直接跑cellranger count ，我自己试了也可以。所以为什么要再多一步cellranger mkfastq呢
CellRanger原理
0. 概述 Cell Ranger 是 10X genomics 官方提供的一套针对单细胞 RNA 测序输出结果进行比对、定量、聚类及基因表达分析的分析流程，它包含有与单细胞...
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【单细胞高级绘图】07.KEGG富集结果展示这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway 注释信息(big annotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的 注释(s...
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利用 Dirichlet-multinomial regression 计算不同条件下亚群丰度变化方法来源于上面这篇文章，不得不说，这篇文章运用了非常多复杂的方法去阐述关注的科学问题，真不愧是出自Broad institute实验室的。我这里暂时只讲下文章中一种比较新颖的...
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蜂群图，让组间基因表达值的比较更优雅（R教程）
在文献中，我们经常能够看到这样的散点图。例如，通过RNA-seq或qPCR比较特定基因在不同分组样本中的整体表达水平。 与其称它们为散点图，其实它们是有独自名字的—蜂群图。当...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之时间动力学（sctour）今天呢，分享一个软件，用来分析单细胞的时间动力学，也就是轨迹方面的内容，感觉是一个不错的分析点，分享分享。 分享的文章在scTour: a deep learning arc...
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10X空间转录组之绘图小细节分享新的一周第一天，我们不整那些难的，来点小的绘图细节分析，如下图 这个图包括两部分，左图的画法很简单 这是只是需要设置一下alpha参数，就可以把没有该细胞类型的位置给暴露出来...
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大神， 你知道IPA输入文件基因名那列可以是小鼠的吗，还是必须要先转化为人的基因名？
跟着Cell学作图|11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA)
跟着Cell学作图|11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA) “实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。” DOI: 10.10...
