欢迎关注公众号：oddxix 一、简介 1000 Genomes Project（缩写为1KGP）于2008年1月启动，是一项国际研究工作，旨在建立迄今为止最详细的人类遗传变...
IP属地：海南
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【数据库-1】1000 Genome Project 数据库
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GATK-3.8(最新稳定版)遗传突变分析流程(SNPs和INDELs)GATK现在最新的稳定版已经到了3.8，测试版是4.0。3.8版和之前的版本还是有比较大的不同的，但核心算法与4.0的差异不大，4.0主要整合GATK和picard工具并...
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简化基因组群体分析1.stack寻找位点1)数据预处理数据下机经过拆分去接头获得原始数据 由于拆分数据用的引物街头长度不一，获得的原始数据的长度也有差异，这对后续stack分析有影响，这里为了...
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遗传分化指数(Fst)的计算
在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种，较为常见的就是遗传分化指数（Fst），fst是由F统计量演变而来，F统计量主要有三种（FIS，FIF，FST）。Fst...
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利用R语言做主成分分析（PCA）自学笔记
成分分析（Principal Component Analysis，PCA）， 将多个变量通过线性变换以选出较少个数重要变量的一种多元统计分析方法。又称主分量分析。当在研究中...
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使用R语言包(LEA)【LEA示例】1.R包的下载(R version 3.6) 如果R版本是老版本的，请查看网站Bioconductor release的要求进行R包下载。注：具体怎么在R中进行操作在以下网站...
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连锁不平衡（LD）分析。在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是非常常见的内容，同时也是关联分析的基础。在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减或者block单倍型块的图。那么什么是连锁不平...
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