欢迎关注公众号:oddxix 一、简介 1000 Genomes Project(缩写为1KGP)于2008年1月启动,是一项国际研究工作,旨在建立迄今为止最详细的人类遗传变...
请问一下,最后算出来亲缘关系的这个值之后,该怎么用阈值进行过滤?就是应该怎么选阈值呢?
GATK现在最新的稳定版已经到了3.8,测试版是4.0。3.8版和之前的版本还是有比较大的不同的,但核心算法与4.0的差异不大,4.0主要整合GATK和picard工具并...
1.stack寻找位点1)数据预处理数据下机经过拆分去接头获得原始数据 由于拆分数据用的引物街头长度不一,获得的原始数据的长度也有差异,这对后续stack分析有影响,这里为了...
在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种,较为常见的就是遗传分化指数(Fst),fst是由F统计量演变而来,F统计量主要有三种(FIS,FIF,FST)。Fst...
Stacks的populations功能了解一下。
遗传分化指数(Fst)的计算在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种,较为常见的就是遗传分化指数(Fst),fst是由F统计量演变而来,F统计量主要有三种(FIS,FIF,FST)。Fst...
作者大大你好,请问你知道可以将Structure的文件一行储存一个样本变成2行的软件或者命令么?我之前在哪看过,但是想不起来也没有找到。谢谢!!
structure图绘制(二)----vcf格式文件的合并与转换在绘制structure堆叠图之前,你常会遇到这样一些问题。测序后得到SNP文件(vcf格式)有很多,如何把众多的vcf格式的文件合并为一个?合并后的文件如何进行进行格式转换...
你好,作者大大,我想麻烦问一下,请问知不知道可以将structure的输入文件一行储存一个样本转化成两行储存一个样本呢??
玉米全基因关联分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因组关联分析是基于数量性状连锁不平衡理论,通过表型与基因型关联分析获得影响表型性状的显著关联标记。 1. 软件 Tassel / Gaipt / FarmCPU / mr...