We'll do whatever just to stay alive.
发简信
IP属地：上海
-
记录运行scvelo过程中的报错TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_...
-
使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
-
Github 2FA验证最近在登陆github的时候，总是跳出下面这个界面： 强制要求2FA验证，否则上不了github。验证方式可以有以下几种： 比较坑的一点是，github并没有提供中国区的短信...
-
收集细胞注释marker（持续更新）
"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],"T cells": ["CD3D", "CD3E...
-
scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心绘图功能学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
-
pySCENIC下游可视化（python版本）
Python版SCENIC转录因子分析（四）一文就够了-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/develo...
-
pySCENIC使用--代码纯享版
我这里的scRNA-seq前期是用scanpy做的，所以首先用scanpy把pySCENIC需要的信息导出来。 接下来用pySCENIC进行转录因子分析。
-
monocle2的使用monocle2和monocle3的基本原理是一样的，详见monocle3系列之七：总结 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com...
-
R包的安装方法都总结在这儿了！
在线安装 1）CRAN的包 R的官方包仓库（Comprehensive R Archive Network, CRAN）提供了大量的开源R包，使用install.packag...
-
monocle3系列之七：总结
monocle3系列之六：共调控基因模块 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/ca50288a8684]monocle3...
-
monocle3系列之六：共调控基因模块一旦找到了感兴趣的差异基因，Monocle可以将它们分组为module。通过调用find_gene_modules()函数，在基因（而不是细胞）上运行UMAP，然后使用Lou...
-
monocle3系列之五：差异基因分析
monocle中有两种差异分析模型： Regression analysis: using fit_models(), you can evaluate whether ea...
-
monocle3系列之四：构建轨迹
在发育过程中、对刺激的反应以及整个生命过程中，细胞会从一种功能状态转变为另一种状态。处于不同状态的细胞表达不同的基因组，产生动态的蛋白质和代谢物库以完成其功能。当细胞在状态之...
-
monocle3系列之三：聚类这里使用官方提供的示例数据进行继续讲解，首先载入所需要的数据： 1）数据预处理 这一步的目的主要是对数据标准化和去除批次效应。 如果你不确定num_dim填多少，可以先画个图...
-
monocle3系列之二：数据载入
monocle3能实现的功能主要包括3个： Clustering, classifying, and counting cells. Constructing single-...
-
monocle3系列之一：安装
monocle3仍然处于开发中，使用时会有诸多bug，相对而言，monocle2更稳定，但是速度慢，不适合大数据。本文先讲讲monocle3的安装，直接参考的是官网：Mono...
-
monocle3运行报错：Error in function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix'
用monocle3进行轨迹分析时，运行以下代码： 出现以下报错： Error in function 'as_cholmod_sparse' not provided by ...
-
python中输入字符串 "hallmark" 获取名为 hallmark 的变量
事情是这样的，我在用decoupler做功能富集分析的时候，首先通过以下代码获得hallmark和go_bp通路，变量hallmark和go_bp都是dataframe： 接...