该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs和overlaps。相对于另一...
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使用Purge_dups去冗余序列
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De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
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使用nextpolish对三代组装进行polish(v1.2.2版)
NextPolish是武汉未来组开发的一个三代基因组polish工具（另外一个常用软件是Pilon）。NextPolish可以使用二代短读序列或者三代序列或者两者结合去纠正三...
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Pilon | 基因组纠错
前言 三代测序错误率比较高，一般组装后需要进行纠错来提高准确度。本次介绍使用Pilon通过引入二代测序数据来对三代基因组进行纠错。 Pilon官网 Pilon软件安装 Pil...
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四. 基因组数据可视化(BWA, Minimap2, samtools and IGV)一. 简介 在基因组数据分析过程中，我们可以将fastq，fasta，ONT等不同格式的数据mapping到参考基因组上，然后通过IGV进行可视化，结合GFF3文件手工对感兴...
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三. Fasta文件处理常用命令
1. 提取fasta文件abc.fas中序列>LG02的第164~202碱基之间序列，另存为abc_LG02_164_202.fas： $ more abc.fas|awk...
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一. 染色体不同区域基因表达水平可视化（bwa, samtools, bedtools, TBtools ）1. bwa index ref.fa; eg: $ bwa index Genome.fas; 2. bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > ...
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「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish
软件安装 官方提供了编译好的jar包，方便使用 如果要顺利运行程序，要求JAVA > 1.7, 以及根据基因组大小而定的内存，一般而言是1M大小的基因对应1GB的内存。 总览...
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一个神奇的小软件bioawk刘小泽写于18.7.29 写在前面：之前介绍过文本处理的三剑客，grep、sed、awk，也曾说过，学了awk，让一切字符秒变尴尬“awk word”。其中的awk可以说是独...
