数据准备GeneCount文件包含了所有同源基因组数目不为1的所有基因组，在各个样本中的数目；UnassignedGenes文件则包含了仅包含一个基因的同源基因组的样本来源信...
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IP属地：吉林
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orthofinder分析泛基因组及可视化 -
转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响基因组中重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可预测）散在重复（Dispersed repeats），...
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植物资源网站
基因组信息查询：首页 - 国家基因组科学数据中心 (cncb.ac.cn)[https://ngdc.cncb.ac.cn/]National Center for Biot...
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基因家族扩张收缩分析-提取基因对应的最长转录本
写在前面：根据“白烟囱假说”，一切的一切都从深海热液开始。从最初的单细胞生物到如今繁杂的世界，为了适应不断变化的外界环境，生物体需要不断且缓慢地改变自己。46亿年的演化，基因...
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教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]写在前面 基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定...
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Orthofinder2鉴定单拷贝基因并构建进化树
实验目的：比较基因组学，从基因组获取单拷贝基因，并构建有根的进化树，并估计分化时间，最终画出有分化时间的进化树实验流程：orthofinder2获取单拷贝基因——muscle...
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教程 | [下篇] 规模化物种同源基因分析 - orthofinder写在前面 两个月前，我推送了一个师妹的投稿，介绍了orthofinder软件的应用场景和具体安装，属于上篇。有上便有下，评论区和后台看到不少朋友在催更下篇。今天即推出，主要内...
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用Hifiasm基于HiFi数据组装基因组：（一）简介Hifiasm软件和HiFi数据
(全文约900字) 1. HiFi数据 HiFi reads（High Fidelity reads）是2019年由PacBio公司推出的基于环化一致性序列（Circular...
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hifi+hic组装基因组1. hifi结合hic数据进行初步组装 运行结束后生成的一系列文件中，我们只需要关注如下几项 (prefix表示前缀） prefix.bp.r_utg.gfa: haplo...
