基因组中重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可预测）散在重复（Dispersed repeats），...
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转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响 -
植物资源网站
基因组信息查询：首页 - 国家基因组科学数据中心 (cncb.ac.cn)[https://ngdc.cncb.ac.cn/]National Center for Biot...
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基因家族扩张收缩分析-提取基因对应的最长转录本
写在前面：根据“白烟囱假说”，一切的一切都从深海热液开始。从最初的单细胞生物到如今繁杂的世界，为了适应不断变化的外界环境，生物体需要不断且缓慢地改变自己。46亿年的演化，基因...
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教程 | 规模化物种同源基因分析 - orthofinder [上篇]写在前面 基因组测序项目已然是几乎所有课题组都可以负担的水平。相比于几年前火爆的通过转录组测序挖掘生物学问题策略，通过基因组，尤其是比较基因组分析，往往可以给我们带来更多确定...
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Orthofinder2鉴定单拷贝基因并构建进化树
实验目的：比较基因组学，从基因组获取单拷贝基因，并构建有根的进化树，并估计分化时间，最终画出有分化时间的进化树实验流程：orthofinder2获取单拷贝基因——muscle...
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教程 | [下篇] 规模化物种同源基因分析 - orthofinder写在前面 两个月前，我推送了一个师妹的投稿，介绍了orthofinder软件的应用场景和具体安装，属于上篇。有上便有下，评论区和后台看到不少朋友在催更下篇。今天即推出，主要内...
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用Hifiasm基于HiFi数据组装基因组：（一）简介Hifiasm软件和HiFi数据
(全文约900字) 1. HiFi数据 HiFi reads（High Fidelity reads）是2019年由PacBio公司推出的基于环化一致性序列（Circular...
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hifi+hic组装基因组1. hifi结合hic数据进行初步组装 运行结束后生成的一系列文件中，我们只需要关注如下几项 (prefix表示前缀） prefix.bp.r_utg.gfa: haplo...
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基因组组装----SOAPdenovo21.基因组组装的流程 基因组组装的大概流程如下： (1) 测序得到raw reads序列。 (2) Reads质量评估。 (3) 原始reads质控。 (4) 选择合适的参数...
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入门流程 | 三代测序基因组从[ 组装 ]到[ 评估 ]- Pacbio、Flye、Quast写在前面 最近，带一个师妹了解并做了简单的基因组组装工作，感觉其上手速度还可以。慢慢地有初窥生物信息学数据分析门径的样式，于是....还是鼓励她整理整理流程，分享分享（其实....
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植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析写在前面 以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的...
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sam和bam文件处理
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍：sambamba是一个比samtools更强大的操作sam和bam的工具，绝...
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Samtools工具的几个强大功能_2019-05-11
Samtools常用命令的总结【samtools强大工具的几个功能】 内容来自一下网址，感谢原作者。不是盗版，记录仅用于个人学习，有笔记可寻！！内容是原文作者写的，非原创！非...
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用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征+用Smudgeplot估计倍性（全文约3500字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+Genome...
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bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicateduplicate问题zhn 去除duplicate可以这样理解： 去除“假重复”（人为造成的重复序列方面的bias)保留“真重复”（天然存在的重复序列）。 第9题 读懂Fa...
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生信 | 基因组组装实战（三）：Kmer评估基因组写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Kmer定义 杂合Kmer...
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生信分析：基因组survey中的K-mer分析是什么？前一篇推送解读了2022年发表在MP上的同源四倍体马铃薯的基因组。 在基因组组装的过程中，首先要做的是基因组的survey，其中一项很重要的分析是K-mer分析，今天的推送就...
