1、引言 BLAST 是一种基于序列相似性进行比对的常用算法。通过在数据库中搜索相似序列,BLAST 能够快速识别和注释序列的功能、结构及进化信息。 2、基本原理 BLAST...
1、引言 BLAST 是一种基于序列相似性进行比对的常用算法。通过在数据库中搜索相似序列,BLAST 能够快速识别和注释序列的功能、结构及进化信息。 2、基本原理 BLAST...
物种丰度堆积柱状图是一种常用的生态学可视化工具,用于展示不同物种在样本中的相对丰度和组成。 1、运行代码: #importdata and modify itphylum<-...
一、什么是多组学分析? Multi-omics是指在一个研究中整合和分析多种组学数据的技术和方法,这些组学包括但不限于: ① 基因组学(Genomics):研究基因及其功能。...
第3节 数据质控 一、正式流程的搭建,整个完整的流程分为以下6部分: ① 原始测序数据 fastq 的质控 QC; ② read比对,排序和去除重复序列; ③ Indel区域...
第2节 FASTA和FASTQ 其实之前有写过,FASTA和FASTQ 的部分内容。在本次就更详细地介绍一下。 首先,FASTA 和 FASTQ 是存储核苷酸序列信息(即 D...
第1节 测序技术 全基因组测序的英文是Whole Genome Sequencing,简称WGS,目前默认指的是人类的全基因组测序。 所谓全(Whole),指的就是把物种细胞...
一、 安装 R 基础环境 如果还没有安装 R,请先安装 R 的基础环境。在大多数 Linux 发行版中,可以通过包管理器来安装 R。 ① 对于 Ubuntu/Debian 系...
有的 R 包可能要求一个更高版本的 R 才能安装或正常工作,所以先安装或者更新R,来更轻松地安装并使用最新的 R 包。 一、 1. 更新 R 到更高版本 ① 在 Ubuntu...
这里列举了五种常见的方法,判断Linux 系统类型和版本,适用于大多数 Linux 发行版,包括 Ubuntu、Debian、CentOS、RHEL 等。 方法 1: 使用 ...