接着上一个视屏讲，很多人说代码的输出结果看不懂，今天详细聊一下 今天选择了11个沙门菌进行聚类分析，最终构建进化树 聚类(Cluster)分析顾名思义就是指将研究的对象进行分...
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记一次数据分析--基因的聚类分析溯源--进化树构建 -
中科院硕博生一枚，用简书来记录自己精读paper和学习生信的过程。
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eggnog-mapper本地化安装（自用）
在经历了无数次eggnog-mapper网页的崩溃后，不得不下定决心尝试本地化安装。 1、由于下载的文件过大，先设置较高的缓存空间 git config --global h...
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使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关，例如，比较患病个体与正常个体的组织表达谱，不难想到这些显著...
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【基因组注释】ncRNA注释1. ncRNA 非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA) 包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA 和microRNA 等不编码蛋白质的RNA，它...
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【基因组学】从基因组中提取基因序列，一段序列及相应的注释文件
写在前面要让从基因组中获取信息变得像喝水那样简单。 --by zhougengxu 预先准备 我以水稻基因组为例，像大家介绍如何提取序列。 基因组文件：水稻基因组，水稻...
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[基因组工具]seqkit的使用
SeqKit的学习 --20191017 软件的介绍 SeqKit是一种跨平台的、极快的，全面的fasta/q处理工具。SeqKit为所有的主流操作系统提供了一种可执行的双元...
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用TBtools，快速高效实现基因组共线性分析与可视化， 赞！写在前面 对于没有做过共线性分析的小伙伴，可以通过以下几段内容，了解一下，我为什么要费劲巴拉画出这样一张图。 除了基因组成的相似性,在不同基因组中基因排列顺序的一致性更能够体...
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跟着Nature Communications学作图：synvisio在线工具展示MCScanX共线性分析的结果synvisio在线工具 链接 https://synvisio.github.io/[https://synvisio.github.io/]之前知道这个工具，但是没有搞懂...
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Call变异？就是召唤啦！刘小泽写于18.8.10，补充于18.8.14-15这之间经历了第一期授课结课，（回中山办购房手续）遥墙机场读了100多页生信书籍，飞往珠海机场被台风滞留（差点回不了中山的家...
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GWAS走起~（2 fastqc、fastp）Step four： 对从公司送回来的原始数据raw data预处理，至于问什么要进行这一步，通俗点讲就像是炒菜，直接从地里拔出来的青菜是不能直接用的，而正规的程序，至少...
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FastQC数据质控报告的详细解读
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 测序平台编号，现在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33编码 Total sequ...
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用nextDenovo组装基因组
背景介绍 NextDenovo是武汉未来组（现在可能得叫希望组了）开发的用于三代基因组组装的软件。想当年读硕士的时候我还因为项目合作的事儿在未来组呆了好几个月来着。 可用资源...
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【比较基因组】共线性分析（JCVI）比较基因组学中，共线性的分析的图无疑是很漂亮的。 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。上一篇介绍了怎么利用MCScanX来做共线性分析，虽然后面有java的包来支持...
