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2023-04-15简书平台不再更新
当初在简书平台更内容一方面是出于搜索方便，另外一方面我自己在简书学到很多东西，多少想回馈一下，现在发现简书也开始有乱七八糟的广告了，而且审核太严， 莫名其妙，数据也不行。今日...
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一个暴露对应所有结局-孟德尔随机化研究发nature communications大家好，好久不见。休息了一段时间，同时去找工作去啦！今天我们来看一篇难度不高，但是工作量不算小的文章，同时学习一下怎么提升自己孟德尔随机化研究的level。文章：Geneti...
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孟德尔随机化数据处理——染色体位置信息怎么转换为SNP今天更完就休息几天啦。GWAS数据在作为孟德尔随机化暴露或者结局数据时，偶尔也会遇到一些坑，比如说有些数据只有染色体以及位置信息，并没有SNP号，这个时候就比较尴尬，所以我们...
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PheWAS是什么？怎么跟孟德尔随机化结合发高分SCI？PheWAS即看一个SNP对所有疾病可能的影响，也是一种非常有趣的、可以用公开数据、四两拨千斤的研究方法，也是一种类似meta分析的方法。今天我们来看一篇用某个SNP代理基因...
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一定发高分SCI——用孟德尔随机化评估肠道菌群对疾病的因果影响大家好，所谓科研界自古以来就有一句话：遇事不决，肠道菌群。当然，我可能不太懂肠道菌群或者16S测序，但多少懂点孟德尔随机化，今天我们来看一篇用肠道菌群做暴露，用孟德尔随机化做...
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孟德尔随机化发高分SCI必备的一些基本概念及计算-MAF
大家好，孟德尔随机化很多人都是从TwoSampleMR包入手学习的，很多GWAS的概念如果不搞清楚，写SCI的时候容易犯一些概念性的错误，低分的杂志可能大家都很水，可能也就一...
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论孟德尔随机化与单细胞联合研究的可能性因为我自己研究的领域跨单细胞、QTL、以及孟德尔随机化，所以就一直在思考这个问题：单细胞能不能和孟德尔随机化联合起来研究？ 这方面的文章或者研究比较少。两个组学能够联合我能想...
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单细胞去卷积怎么制作基因在细胞类型中的系数表
上一次我们聊了去卷积的话题，去卷积就是把一个完整的东西解构为n个特征，如一个小狗=鼻子*1+眼睛*2+有毛等。在转录组数据中，好像最早的去卷积就是CIBERSORT或者ssG...
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有的LP就是-log10（P）,有的数据直接给到P
孟德尔随机化GWAS完整的VCF文件列名都是什么意思
大家好，好久不见，这个公众号目前只有我在写，所有更新随心所欲，想起来什么就发点啥，也不为挣钱，希望能跟大家分享一些自己在生信学习中的感受。 上次我们把完整的vcf数据提取出来...
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去卷积是什么？在单细胞转录组中怎么用1？个人简单理解大家好，好久不见，公众号目前只有我一个人在写，随心情更新。之前一直在说孟德尔随机化的话题，今天聊聊单细胞。很多我已经习以为常的东西可能很多人完全不懂，或者看见这一类题材就怵，...
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从一篇11分论文看怎么使用公共数据发高分SCI-2
大家好，公众号目前只有我一个人在写，随心情更新。现在纯做转录组想发个文章已经越来越卷了，而且好多期刊已经明确规定了要加实验，对我们这种临床gou特别不友好。那么有没有不用做实...
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从一篇11分SCI看孟德尔随机化怎么发高分大家好，好久不见，现在纯做转录组想发个文章已经越来越卷了，而且好多期刊已经明确规定了要加实验，对临床gou特别不友好。那么有没有不用做实验还可以发高分的文章呢？答案很明确，是...
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想不做实验发高分SCI？来学QTL吧现在纯做转录组想发个文章已经越来越卷了，而且好多期刊已经明确规定了要加实验，对临床gou特别不友好。那么有没有不用做实验还可以发高分的文章呢？答案很明确，是有的，我可以列出一...
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孟德尔随机化GWAS完整的VCF文件列名都是什么意思大家好，好久不见，这个公众号目前只有我在写，所有更新随心所欲，想起来什么就发点啥，也不为挣钱，希望能跟大家分享一些自己在生信学习中的感受。 上次我们把完整的vcf数据提取出来...
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GWAS分析-P值和beta值的爱恨相杀 (六)前面已经简单介绍过GWAS的概念，GWAS分析中所用到的文件以及分析流程，我们在GWAS分析结果文件中经常会看到beta值和P值，他们分别代表什么意思？这两个值又有什么关系呢...
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怎样完整读取IEU的.vcf文件并转为数据框大家好，好久不见，这个号目前只有我在写，所有更新随心所欲，想起来什么就发点啥，也不为挣钱，希望能跟大家分享一些自己在生信学习中的感受。 今天我们来学习一个有意思的事情，IEU...
