网络图 共现网络是研究突出了不同环境下微生物群落间的相互作用模式重要方式，可以从网络角度理解微生物群落共现特征，包括分析不同生境下微生物之间相互作用的差异，及各个类群之间的互...
IP属地：北京
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微生物共现网络——Gephi绘图 -
使用eggnog-mapper进行功能注释
官网：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper[https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper]...
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遗传学 博士研究生在读
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Prodigal预测基因Prodigal (PROkaryotic DYnamic programming Gene-finding ALgorithm)，原核的动态编程基因查找算法. 文献信息 文...
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DRAM鉴定代谢基因文章：DRAM for distilling microbial metabolism to automate the curation of microbiome func...
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vConTACT2病毒分类注释文章：Taxonomic assignment of uncultivated prokaryotic virus genomes is enabled by gene-sh...
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CRISPR/Spacer/Cas有关预测方法：集锦规律间隔成簇短回文重复序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是细菌，古菌...
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dRep物种集去冗余
drep可对基因组集去冗余，留下非冗余基因组集。从运行过程来看，先进行基因预测，然后用chekm做基因组质控，也因此需要安装配置checkm，去冗余基于ANI有关的参数。 文...
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宏病毒组分析之deepvirfinder结果的后续处理
我们知道，在使用deepvirfinder之后会给到一个得分表，类似于这样： 然后我们在使用Excel表格中的“筛选”功能，选取score>0....
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基因家族鉴定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章将介绍 ①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较 ②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用 ③用四种软件的实践操...
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CheckV评估病毒序列标题：CheckV assesses the quality and completeness of metagenome-assembled viral genomes[h...
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重新认识TBtools，减少你的生信分析烦恼（20190422）写在写在前面的前面 或许，没有人知道TBtools到底是什么？能干啥。但是看完这个推文，或许你就知道了其中的一部分。 写在前面 TBtools对外开放两年多，不时会有熟悉的不...
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你想干啥？让「TBtools」猜一猜写在前面 今天是学校放假的第一天，原本我应该是在回家带娃的路上，但之前订票时没考虑到原来寒假已经到了，于是定的是周五晚上的票。Emmm，最近或者出差，或者赶赶项目，或者写写论...
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宏病毒组（四）|病毒注释软件介绍宏病毒组直接以样本中所有病毒的遗传物质为研究对象，快速鉴定样本中所有的病毒组成。测序数据的组装及病毒的分类注释直接影响项目分析结果的准确性。在上篇推文中小编给大家详细介绍了组...
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VirSorter2识别病毒序列
从宏基因/转录组数据中识别病毒信号缺少1. 广谱基因marker 2. 数据库代表 3. 有效工具。但VirSorter2很OK。 标题：VirSorter2: a mult...
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宏蛋白质组分析流程2020 | MetaProteomeAnalyzer导读 背景：宏蛋白质组学数据分析面临着数据库庞大、计算配置要求高、蛋白精确注释难、参考基因组深度不足、数据可视化待优化等挑战。方法：基于MetaProteomeAnalyze...
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