前面的文章请看： TBtools进行序列提取[https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4]；基因家族的鉴定blast[https://www...
发简信
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一文解决Windows系统上的R、Rtools、Rstudio的安装，镜像设置和BiocManager等R包的安装。 -
理解autodock分子对接思路和流程
总结 准备工作： 设置工作目录，用pymol去除水分子，分离蛋白和小分子，得到各自的pdb文件。 （如果是预测得到的蛋白pdb，那就直接拿来用咯，如果是已知结构可从pdb数据...
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生物信息学从零开始学（5）——蛋白质-小分子分子对接详细步骤（docking）叠合两个蛋白质三维结构 蛋白质三级结构的比对 蛋白质三维结构比对就是对蛋白质三维空间结构的相似性进行比较。 可用于探索蛋白质进化及同源关系 改进序列比对的精度 改进蛋白质结构...
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通过GSVA与相关性分析寻找目的基因的相关通路
最近帮师弟做一个GSVA分析，发现已经忘的差不多了，顺便整理一下吧。 基因集变异分析（Gene Set Variation Analysis, GSVA）可以将一个基因表达矩...
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GEO数据挖掘基本流程与代码
写在前面：本文内容出自生信技能树的生信入门系列课程笔记，感谢小洁老师、Jimmy老师的分享。 GEO数据挖掘分析思路：1.找数据，找到GSE编号2.下载数据（表达矩阵、临床信...
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单细胞亚群差异基因火山图单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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使用cellchat进行细胞间通讯分析
安装R包 如果安装不成功，可能是1.You might need to manually intall the dependencies ComplexHeatmap usi...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
