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  • @jijitoutou 额,tpm为啥需要标准化,tpm每个样本的和相等,还需要再标准化一次吗

    Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别

    1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度:某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言,随着测序深度的增加,基因种类以及可变剪接体的数目也会...

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    基因功能富集

    一 基础知识 1、什么是富集分析? 富集分析的原理一个生物过程通常是由一组基因共同参与,而不是由单个基因独自完成。富集分析的基本前提假设是,如果一个生物学过程在已知的研究中发...

  • 一般细胞群足够多,并且不在细分

    clustree : 聚类可视化利器

    我们知道在研究问题时,分组是很重要的,有分组才有故事可讲。比如,两块田一块施肥一块不施肥,可以做比较嘛。在单细胞数据分析中用到较多的数据分组技术是聚类(clustering)...

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    clustree : 聚类可视化利器

    我们知道在研究问题时,分组是很重要的,有分组才有故事可讲。比如,两块田一块施肥一块不施肥,可以做比较嘛。在单细胞数据分析中用到较多的数据分组技术是聚类(clustering)...

  • 暂别简书,后会有期

    我不是老师,也不是大神,更不是前辈。我只是个普通的科研工作者,一个只想努力变得更好的人。 来到简书快3年了,期间写了不少的笔记。很多的笔记是在疫情严重时wfh的时候写的。至今...

  • count normalization的方法

    count normalization的方法 这应该会是一个小系列,我会简单介绍下现在的一些count normaliztion的方法,以及对应的代码解释、思考,从而最后得出...

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    Python黑科技系列11-自动化工具破解VIP付费文章下载数据

    序言 不要惧怕还未到来的结果,要坚信,人生那么长,执着努力的人,一定会被时光温柔以待。愿一切为之努力的事情,都有浪漫的结果。不动声色地变好,每一天都要比昨天更加好。仅此一生,...

  • 哪个更好呢

    Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别

    1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度:某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言,随着测序深度的增加,基因种类以及可变剪接体的数目也会...

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    Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别

    1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度:某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言,随着测序深度的增加,基因种类以及可变剪接体的数目也会...

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    跟着Science Advances学画图:R语言ggplot2画图如何让坐标轴以科学计数法显示

    今天的推文是昨天推文的延续。在昨天的推文中模仿了论文 Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their i...