基因组发生重排而导致的,一般指长度1 kb 以上的基因组片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的重复或者缺失。因此称为“微”缺失/重复变异。在基因组水平上，CNV ...
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群体遗传变异——拷贝数变异分析 -
（避坑）samtools bedcov 和 bedtools coverage 的区别
今天在Biostar上看到了这个关于samtools bedcov vs. bedtools coverage 问题的讨论（https://www.biostars.org...
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双端测序中read1和read2的关系在跟着健明老师学习生物信息学的过程中，少走了很多弯路，躲过了很多坑，在指导下浅尝过一些。但是自己常常扣原理，又双叒叕落坑，百思不得其解。以下是之前遇到的问题，今天整理带大...
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LTR_retriever: 一个更加准的LTR整合分析工具背景篇 在植物基因组中，I类转座因子，LTR-RT(LTR retrotransposons)是基因组扩张的主要原因。完整的LTR长度在85~5000 bp之间，下图图A表示...
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既想学生物学，又想学计算机？——生物信息学了解一下
您是否对生物学和计算机都有很浓厚的兴趣？您是否羡慕玩Linux玩得很6的生物学大佬？您是否期待拥有玩转Python的能力？看着同龄人早就公开发表SCI检索论文您是否心里一凉？...
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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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TBtools基因家族分析详细教程（1）写在前面：非常感谢CJ开发出如此强大的TBtools工具，作者详细讲解了基因家族的分析过程和意义，课程购买地址，讲的很棒，可以试听。 一共分为4个部分TBtools基因家族分...
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基因家族分析(1) 基因家族成员的鉴定
最近有小伙伴问为怎么多快好省的发个论文顺利毕业，作为生物圈里的当事人当然推荐基因家族分析了，于是乎准备整理这一系列文档。在本文档中我主要侧重于后续的数据可视化，因为物种不同数...
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一些生物信息学用到的软件，工具，介绍用法安装以及以及应用的文章 🛠 测序组装使用的Spades、canu等等 🛠 序列比对比如blast、bowtie、diamond等 🛠 多序列比对比如mega、clustalW、matff等 🛠 序列格式转化的samtools、bedtools等等 🛠 可变剪接分析的rMATS、MISO 🛠 微卫星序列查找工具misa等 🛠 call peak的工具macs2 🛠 文献下载工具Sci-hub桌面版 🛠 进化树构建工具IQtree、ggtree等 🛠 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 🛠 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等 🛠 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME 🛠 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST 🛠 可视化工具比如IGV、3D Genome 🛠 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等 🛠 数据可视化的工具circos 等等
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安装 | 比较基因组系列之一 - WGDI 软件安装与配置
写在前面 前述已经提及，接下来会有一系列推文是我的好基友 - 比较基因组小王子 出品。目前，我手上已经拿到系列推文主题，包括但不仅限于： 点阵图（dotplot） 共线性（c...
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用ggplot2画代谢集富集分析（MSEA）图MSEA 什么是MSEA MSEA，Metabolite Set Enrichment Analysis，代谢集富集分析，是代谢组数据分析方法的一种。MSEA是基因集富集分析...
