由于太久没有分析过bulk数据了，前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚，所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。 假如你是小白，也刚刚了解NG...
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芯片数据和RNA-seq的差异分析流程 -
分享个单细胞配受体互作强度的计算方法
前言 这一块涉及到细胞通讯的内容，那么目前定义细胞通讯利用的是细胞配体，受体蛋白互作来定义的，这里盗取一张示意图（图片来自百度） 联想到单细胞数据来看，单细胞转录组数据衡量的...
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2021-03-15 DepMap数据库偶然发现了这个神奇的网站（https://depmap.org/portal/），对于实验狗的我而言，想想以前走的各种弯路，顿感相见恨晚啊！废话少叙，直接来看看这个DepM...
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有相关性就有因果关系吗，教你玩转孟德尔随机化分析（mendelian randomization ）
流行病学研究常见的分析就是相关性分析了。 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路，比如缺乏元素A与某种癌症相关，那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率。这个结论的大前...
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利用10X单细胞eQTL定位确定自身免疫性疾病的细胞类型特异性基因控制周二了，新的一周，虽然内心一直想躺平，一直想回家，但是最终还是屈服，坐起来好好工作，不知道30岁一事无成算不算就是失败的人生，人是不是总是在矛盾中前进，也不知道前面有什么，或...
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10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leidenhello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorit...
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R Package Scissor 学习笔记简介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，这是一种新颖的单细胞数据分析方法。利用批量（bulk）表型从单细胞测序(scRNA-se...
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10X单细胞（单细胞转录组 & 单核转录组）空间联合分析解析独特且进化上保守的肝脏巨噬细胞生态位hello，大家好，今天我们继续分享单细胞空间联合分析的文章，大家如果看我的文章也应该发现了，空间转录组越来越多的用来解释关键细胞类型的生态位，非常重要，关于生态位的问题，我...
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2021-11-23 -- 可能需要的网址
打印社保 1．“江苏省人力资源和社会保障厅网上办事服务大厅”（https://rs.jshrss.jiangsu.gov.cn[https://rs.jshrss.jiang...
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【文献】单细胞 T细胞受体(TCR)测序：技术与挑战Single Cell T Cell Receptor Sequencing: Techniques and Future Challenges单细胞T细胞受体测序：技术与挑...
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Diffusion Map在单细胞中的应用单细胞降维 基于单细胞表达矩阵的降维方式有很多，例如UMAP，t-SNE，PCA等，而Diffusion Map是基于非线性的降维模式。对于单细胞表达谱而言，该降维方法有利于...
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10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之TCRdist3(7)neighbor graph analysis（CoNGA）今天我们来分享CoNGA的分析原理，其实我们最关系的就是和是怎么计算和运用的。 首先是TCR的分析（10X的结果文件） Clonotype data from 10x gen...
