以linux系统为例 首先，在$HOME目录下，新建一个文件.Rprofile，并进入vi编辑器： 按下键盘Insert键进入vi的编辑模式，然后我们就可以输入代码配置默认环...
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一劳永逸，R的个性化默认配置
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《动手学深度学习》第二章习题答案《动手学深度学习》第二章地址：https://zh-v2.d2l.ai/chapter_preliminaries/index.html[https://zh-v2.d2l....
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RNA velocity of single cells文献学习在之前的一个视频学习系列笔记里，有一篇笔记提到了RNA velocity（Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记（八））...
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kallisto | bustools: 单细胞数据分析不止cellranger！Páll Melsted, A. Sina Booeshaghi, Fan Gao, Eduardo Beltrame, Lambda Lu, Kristján Eldjár...
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WGCNA（6）：筛选 hub gene通过前期的分析，我们确定了感兴趣的module，但是module中又含有几十甚至上百的基因，下一步需要进一步筛选hub gene。 WGCNA（3）：基因模块与性状关联识别重...
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通过WGCNA作者的测试数据来学习-转自生信技能树
通过WGCNA作者的测试数据来学习 原创 生信技能树 通过WGCNA作者的测试数据来学习 测试数据下载链接在：https://horvath.genetics.ucla.ed...
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hugo+github搭建我的个人博客来到简书平台已经有两年多了，在这里见证了我的生信入门之路。由于种种原因吧，萌生了创建自己的个人博客的想法。利用周末两天的时间摸索了结合hugo+github搭建个人博客的方法...
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R语言接受命令行参数的三种方式
R语言接受命令行参数的三种方式 最近要用一下R的命令行，但是发现命令行参数不是很友好，就总结了一下目前常用的R的命令行参数的接受方法。 平常我们使用R语言的时候常常都是在交互...
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@向日葵_a5d9 已发送
SingleR单细胞类型自动注释与celldex参考数据包
SingleR包可基于参考数据集，实现对单细胞数据细胞类型的自动注释。celldex包提供若干常用的人/老鼠的注释细胞类型的Bulk RNA-seq/microarray参考...
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单细胞之轨迹分析-3：monocle3轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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RNAseq比对流程pipeline脚本自己在参考大牛的基础上，总结了RNAseq比对流程pipeline脚本。在做好前期准备工作后，可以一步完成从fastq到表达矩阵的所有步骤，目前仅支持human Bulk R...
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wilcox.test 进行 RNAseq 差异表达基因分析
如果拿到的表达谱不是原始的read counts数据而是TPM值，就不能用包（比如DESeq2）来进行差异表达基因分析。我们可以手动用wilcox.test 函数手动进行分析...
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【加分项>>预后模型】02.ChEA3+scRNA-seq表达题目：Prognostic Implication of a Metabolism-Associated Gene Signature in Lung Adenocarcin...
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GitHub&SM.MS图床的使用GitHub&SM.MS图床的使用 引言 markdown原则上不建议使用base64内嵌图片，因为太麻烦。 如果只是在本机浏览、编辑的话，那引用相对路径或者...
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Seurat4.0系列教程19：多线程并行策略在Seurat，我们选择使用future框架进行并行。如果您有兴趣了解更多有关future框架的内容，请点击此处[https://cran.r-project.org/web...
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@aa4b35ec092f 官方的workshop教程
[数据库]CMAP干扰转录组数据库
cmap(Connective Map)数据库简单来说就干了一件事：对经过不同类型试剂(小分子化合物为主)处理的细胞系进行转录组层面的测序，分析这些试剂所造成的相对于正常细胞...