240 发简信
IP属地:广东
  • 您好,我是用Hifi reads 比对参考基因组,结果是这样的,总reads数比我raw data 要多,比对率是百分百,请问怎么算真正比对上的reads数吖,我想的比对率应该是比对上的除以总的,可是现在比对上的比总的还多,7457937 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)
    0 + 0 secondary
    910767 + 0 supplementary
    0 + 0 duplicates
    7457937 + 0 mapped (100.00% : N/A)😭😭

    测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth

    00 写在前面 测序后公司交付数据时,一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理,记得一定要拿回raw data,同时弄清...

  • 您好,请问4.4的那张图片是哪一篇文献中的哇

    【WGCNA】WGCNA学习(一)

    其实我一直没用过WGCNA,因为分析网络的方法有很多,但是大家好像都更爱用这个。最近帮人分析的几组数据,他们指名要用WGCNA分析,所以就学习一下。 =======WGCNA...

  • 120
    通俗易懂WGCNA(2)

    正文 正文部分,我想尽可能的从原理出发,讲解WGCNA背后的大致逻辑。我尽可能的在这部分不介绍代码,以免喧宾夺主般的干扰我们对于WGCNA原理的思考。 先简单给个目录,WGC...

  • 不知道为啥3个g的文件,比对的时候内存占到了最高330G,哭了

    [随笔]minimap2 节约内存

    minimap2 我是用10G 以上基因组 +100G reads 默认参数下一般消耗20-40G 内存;存入文件时消耗80G 后来思考,-I 参数,对于一些大基因组 ...

  • 楼主,我想请问第四步merge的时候,一直报错Forward and reverse reads not paired. Check that BAM files have the same read names and are sorted.这个,请问您有遇到过吗

    hic分析之分步工作原理

    参考之前的文章 hic分析之 hic-pro 介绍与安装 分步工作原理: 先看test文件 再看看opt文件 工作原理介绍: 1.Reads Mapping 将fastq文...

  • 2022-09-01

    目的:处理fastq文件中的空白序列,第二行和第四行为空白,将空白以及所在序列都删除。逻辑:以两行为一个整体,当输入文件第二行为空白的时候,则将空白和空白的上一行都删除;若第...

  • 你好,就是我用conda装了一款软件后我就找不到conda了
    ,而且bin文件里面也没有conda,想请问一下这是什么原因哇?谢谢

    conda安装软件后怎么确认软件安装成功

    conda的下载和安装见conda或者见生信技能书推文conda管理生信软件一文就够安装软件结束后,会出现三个done但是也只能说明软件安装正常结束,但是不能说明软件能正常使...

  • 您好,在第二步yum安装我没有权限,请问需要怎么安装吖

    linux服务器中安装Rstudio-Server教程

    时间:2020年2月10日前言:下载新买了一台腾讯云的服务器,近一天时间进行配置成基础的生信分析的机子,看到在服务器上可以安装网页的Rstudio-Server,出于好奇以及...

  • 要一起拼课吗?我感觉好贵😂

    【课程笔记】学CJ在腾讯课堂上的基因家族分析1

    明晰概念 基因是染色体上一段可以发生转录的区域 基因≠CDS 基因应该包括:CDS 内含子 UTR 启动子 可转录的区域是多变的 我们做分析的时候常用的是蛋白序列,而蛋白序列...