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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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2020-05-11Strand bias 链偏好Strand bias 链偏好 背景 造成链偏好的原因： 1.Local realignment目的就是将比对到indel附近的reads进行局部重新比对，将比对的错误率降到...
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一步到位-生信分析流程构建框架介绍我们都知道生物信息学（Bioinfomatics）包含两个部分：bio和informatics，即利用生物数据通过计算机学或统计学或数学的方法发现这些数据背后所具有的生物学意...
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gatk VariantFiltration（Mutect2后）参数调整关于vcf文件的学习（所有的需要信息都在头文件中） FORMAT variants的格式，例如GT:AD:DP:GQ:PL GT:样品的基因型（genotype） 两个数字中...
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R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析参考这篇ID转换不用怕，clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办，值得一看 简单介绍一下几种常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG开头...
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使用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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单细胞数据中到底应该如何处理线粒体基因
什么是线粒体基因 线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的主要细胞器之一。线粒体基因在大多数细胞中表达，其表达水平是细胞类型特异性的。也就是说这个也是和细胞类型及其状态有关系的。 为...
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CellPhoneDB：细胞受体配体互作分析工具最近在学习cellphoneDB，顺便写一个学习记录吧。 简介 CellPhoneDB是一个可公开获取的受体、配体及其相互作用的存储库。配体和受体都包含亚基结构，准确表征异质...
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10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNethello，大家好，今天我们来分享一个做细胞通讯的分析软件NicheNet，这个软件最大特点就是预测配体活性，所以很多文章里都将NicheNet和cellphoneDB联合使...
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RNA velocity分析练习（四）聚类以及velocity可视化系列回顾：1.RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理2.RNA velocity分析练习（二）软件安装3.RNA velocity分析练习（三）生成loom...
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Seurat::DoHeatmap 的谜之报错Seurat::DoHeatmap 的谜之报错 最近在学习Seurat教程（Seurat版本3.0.2），发现运行到倒数第二步做热图展示marker genes时总是报错 主...
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单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲：熟悉文献作者提供的两个表达矩阵 笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：ht...
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ReactomeGSA：高效的单细胞通路分析工具前情提要： SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架[https://www.jianshu.com/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集结果可视...
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单细胞转录组||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jianshu.com/p...
