我用EVM的脚本转换老师报错，把miniprot的gff转为EVM的gff，请问有遇到过的吗？
EVM基因组注释合并，你真的做对了吗？基因组注释这个东西攻略是五花八门，有些地方其实写错了，作者还以为很对，为什么呢，因为EVIDENCEModerler经常在错误的输入文件下也能跑，只是你不知道罢了。 今天带大...
IP属地：贵州
-
-
您好，请问下miniprot得到的gff格式化，怎么转变为EVM可使用的格式啊，谢谢！
EVM基因组注释合并，你真的做对了吗？
基因组注释这个东西攻略是五花八门，有些地方其实写错了，作者还以为很对，为什么呢，因为EVIDENCEModerler经常在错误的输入文件下也能跑，只是你不知道罢了。 今天带大...
-
@zz_a46c 参数设置有问题，你是默认参数吧
应该是最新最详细的MUMmer中文使用说明
如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方...
-
大佬，请问下您这8层文件是怎么来的，这个才是关键
十二. Circos基因组作图
前言 最近进行基因组数据分析，绘制圈图，想做两个基因组的比较分析，通过查询文献，发现棉花基因组圈图在细节方面做的较好，主要就是染色体排布中间对称，这样共线性连线就不会出现交叉...
-
我之前用过eggNOG注释，然后做go和kegg，似乎kegg结果很少！！
本地搭建植物KEGG数据库及进行注释
KEGG数据库包含丰富的功能信息及通路注释，可由此了解生物系统的功能和效用。 而官方已经不再免费提供FTP下载氨基酸以及核酸序列库，并且KAAS和Kofam等官方工具，要么在...
-
用PMAT跑不出来，很复杂没有办法解环，试试这个软件，但是请问下第三步和第四步的配置文件该怎么修改啊？谢谢各位大佬！
跟着Briefings in Bioinformatics学数据分析：植物线粒体基因组组装流程GSAT初步尝试
论文 Master graph: an essential integrated assembly model for the plant mitogenome based ...
-
请问下怎么设置线程啊，按照这个线程设置报错
「三代组装」使用Canu对三代测序进行基因组组装
Canu简介 目前Canu已经更新到2.0版本，本文用的是Cau1.6版本，一些参数可能存在变动，请注意分辨。 Canu是Celera的继任者，能用于组装PacBio和Nan...
-
绝了，怎么安装都报错！
比较基因组学之共线性工具JCVI安装及使用
比较基因组学之共线性工具JCVI安装及使用 jcvi及依赖的安装 $ conda create -n jcvi -c bioconda -c conda-forge jcvi...
-
请问呢下minimap2要运行多久，结果文件多大啊，太慢了
De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）
写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
-
据说Autohic可以自动更正和调整，但是我用了效果很差，800多M的基因组，经过他调整就只有60多M了，这肯定不行啊
【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？
1.常用HiC挂载软件 ALLHiC张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组，肯定是首选。对于简单基因组，我跑了下，结果不佳。提了issue，张老师...
-
老板写的不错，很详细，我要用二代reads和pacbio revio HIFI reads来polish，请问配置文件该怎么修改啊？就是第四种polish吧，大佬？谢谢！
De novo组装#05 | 基因组纠错polish（racon+pilon, nextpolish）
写在前面 在进行染色体挂载之前一般对得到的 "primary assembly"（主要组装/初始组装结果）进行进一步的优化，以减少错误，提高基因组的质量和准确性。然后再将这些...
-
请问下得到全长转录本后，怎么得到consensus sequences？谢谢大佬
全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理
ONT全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台进行的全长转录组测序。利用三代测序平台长度长 （lo...
-
您好，我nanopore测的全长转录本，无参考基因组，pychopper得到全长数据，我后续该怎么得到consensus sequences？谢谢！
全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （2）-- pigeon
通过isoseq collapse和pigeon，我们最终能得到带有基因注释的表达矩阵，后续基因的差异分析，差异基因的KEGG注释等都和二代RNA-seq类似了。 Isose...
-
请问你输入reads呢？
线粒体组装软件（1）Mitofinder
软件介绍 听名字就可以猜出来Mitofinder是一个专门用于组装线粒体基因组的软件，该软件运行于liunx平台，不仅可以用于组装线粒体的基因组还可以用于注释线粒体基因组，不...
-
请问下运行快吗？200G二代数据，20线程大概多久可以运行完成啊？
基因组组装—SOAPdenovo2的使用
一、简介 SOAPdenovo2是用于short-read组装的软件，能够组装出类似人类基因组大小的de novo草图。SOAPdenovo主要用于大型植物和动物基因组的组装...
-
请问下conda安装的，没有mitfi这个文件，是怎么回事啊？然后tRNA注释就运行不了，然后报错就停止运行了？麻烦大佬看到回复下，谢谢！
线粒体基因组的组装和注释（MitoFinder ）
之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历，用的是单位的超算（Linux系统）。 这里的二代测序数据是全基因组的浅层测序数据，因为叶绿体和线粒体是多拷贝的，...
-
大佬这好详细，谢谢了
De novo组装#07 | 染色体挂载 （allhic，3d-dna）
写在前面 初始组装经过基因组纠错（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以将其挂载到染色体上，使其由contig/scaffold级别的基因组提升到chromoso...
