针对上次RIP-MTO1 返回来的数据进行分析 1. fastqc 检查下数据质量 结果显示已去除接头 2. flash 双端测序reads 进行拼接 生成了6个文件 FL...
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2022-09-29 分析MTO1_RIP 线粒体RNA的分布 -
2022-09-23 small RNA 分析ncRNA 注释[【基因组注释】ncRNA注释 原创]（https://blog.51cto.com/u_15668923/5639934[https://blog.51cto.com/u_...
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2022-09-30 mto1_rip 3和5 序列分析1. fastq 转换为fasta 格式 利用之前的perl程序，生成uniq的序列文件，readcounts文件，长度分布文件 perl groupReads.pl MTO...
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2022-10-11 trit1 3 5端分析flash 合并双端读数 转为fa文件 uniq 序列 makeblastdb -in ./mito_index/Danio_rerio.GRCz11.dna.chromos...
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2023-01-10 gsea
https://www.sohu.com/a/281843011_120055884[https://www.sohu.com/a/281843011_120055884]h...
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ChatGPT加持的微软New Bing（国内申请与使用）新必应申请 下载安装 Edge dev 版本，这个版本可以直接申请(不用梯子)使用 Edge dev 下载链接：www.microsoftedgeinsider.com/zh...
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2023-02-14 文本改写https://www.xfyun.cn/doc/nlp/textRewriting/API.html[https://www.xfyun.cn/doc/nlp/textRe...
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GSEA富集分析基本概念 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)是一种的计算方法，用于评估在一个预设订的基因集中，两个生物学数据集间，是否存在统计学上显著且一...
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2022-12-11 斑马鱼8和16 时序GO 分析Mfuzz做转录变化的时间趋势分析后对每个趋势分组挑一个代表性基因https://cloud.tencent.com/developer/article/2018571[ht...
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2022-10-16 bowtie-bowtie2去核糖体RNA
https://www.jianshu.com/p/1cf3465b7e49[https://www.jianshu.com/p/1cf3465b7e49]
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2022-12-11 避免不同R包，里面相同参数名字干扰help(simplify)发现有包的函数重复args(simplify) 查看目前函数用的哪些参数想用clusterProfiler里面的simplify 函数，但是pur...
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bowtie-bowtie2去核糖体RNA一、在NCBI上下载rRNA的fasta序列，用于建立索引 打开NCBI,select “Taxonomy” and search for “sheep“ 点击 Ovis a...
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small RNA学习（一）：GEO数据下载一般在转录组或者基因表达相关的文献中，末尾都会附上Accession Numbers，可以用这个编号在GEO(Gene Expression Omnibus)数据库上下载该研...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF软件是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便。 1. 重复序列分为串联重复序列和散在重复序列（转座子）； 串联重复序列又包含卫星序列 >...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】该教程分为2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】 因为之前碰到...
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批量导入NCBI下载到本地的引文到EndnoteEndnote可以批量导入pdf格式文件。但对下载到本地的引文无法批量导入。如果本地有很多这种引文，那一个个导入很麻烦。可以用以下批处理命令实现一次导入 存为.bat格式即可...
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2022-07-29 GEO数据库与DAVID如输入mir29a，结果如下 数据集 表达谱 GEO数据库类型 系列GSE ; 平台 GPL; 样本 GSA; 物种 G 从主页中点击以上任何一个类型 GEO数...
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2022-06-04 cytosacape 运用cytoscape 安装过程，一直默认即可，不需要更改位置安装教程参考https://cloud.tencent.com/developer/news/96301[https...
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转录组不求人系列(九)：FPKM值基因表达量的计算、基因ID转gene symbol的例子
高通量测序数据一般公司都会提供两种矩阵，一种是Row counts，前面说过的用于差异基因的筛选。第二种是FPKM值，可以理解为转录组基因的表达矩阵，可以用于做热图和基因表达...
