经过表达定量后，我们已经得到了基因的表达量矩阵，差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中，常用的有DESeq2，edgeR，limma等...
IP属地：北京
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R语言DESeq2基因差异表达分析
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外泌体多组学24-细胞外RNA通信联盟(ERCC)介绍我们现在知道，当RNA被包裹在囊泡中或通过与脂蛋白或RNA结合蛋白结合时，它可以在生物液体的恶劣环境中生存下来。这些细胞外RNA(exRNA)在细胞间信号转导中发挥作用，作为...
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RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树②挑选最佳阈值power③ 构...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
R语言-limma差异分析与heatmap绘制#mRNA表达矩阵与GROUP文件样式，heatmap样式见文章最后 library(limma) mRNA <- read.table("表达矩阵.txt",sep = "...
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StatQuest机器学习视频B站视频笔记：公众号：生信小知识+生信菜鸟团学习思路：机器学习——小洁简书TCGA笔记——生信技能树线上视频 一、基础简介 概念：机器学习主要思想 一般来讲, 机器学习就...
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2019-11-12听课笔记之蛋白质组学数据分析基础（三）转发自http://crickcollege.com/news/240.html 写在前面蛋白质组学网络大课堂第四讲，讲到了很多小伙伴非常关心的问题：如何针对高通量蛋白质谱数...
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教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci
ggsci是ggplot的主题包，它提供一系列高质量的调色板，其灵感来自于科学期刊、数据可视化库、科幻电影和电视节目中使用的颜色。ggsci中的调色板可以作为ggplot2s...
