hisat2 align begining to analysis raw data, you should be clean the fastq data. Here we...
发简信
IP属地：福建
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RNA-seq align
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动植物基因组组装（华中农已毕业的生物狗）的分析小经验，不定时记录日常搬砖踩坑记录，欢迎互相交流学习~<br>学无止境，温故而知新~
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小弟读过两年书，尘世中一个迷途小书僮<br><br>欢迎访问: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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没有写出来潜在的bugger
上传数据到proteomexchange
上传蛋白质组学数据到proteomexchange 1. 登录网址http://proteomecentral.proteomexchange.org 2. 用邮箱注册自己的...
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遗传学 博士研究生在读
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kmeans_k = 2 ？这个具体是什么意思呢？
pheatmap热图技巧合集
突然间发现，我一做热图就用pheatmap几乎不存在第二个选项了。是时候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一个值得注意的参数，它旨在说明你想...
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实验重复算是不同批次吗？
去除批次效应
我需要把多个数据集的数据合到一起怎么办？直接inner_join()或者cbind()就可以拿来用吗？当然不行！进行进一步分析之前，你还得去除一下批次效应！不同数据集在不同批...
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“FPKM和TPM都是样本内可比，样本间不可比”这个是为什么呢？
xshell转录组hisat-samtools-StringTie下载安装运用
下载 创建hisat目录 进入 下载 建议：去官网下2.0的更好，能多线程跑 解压 配置环境(网上教程) 因为我是xshell交互式login shell，所以用的是prof...
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@像鸟一样飞过你的高山导入包之后的数据集好像不存在的
monocle 拟时序分析
拟时序分析指的是根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况，构建细胞谱系发育。这个时间并不是真的时间，而是一个虚拟的时序列，是指细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。 mo...
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你的代码好像不能重现
monocle 拟时序分析
拟时序分析指的是根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况，构建细胞谱系发育。这个时间并不是真的时间，而是一个虚拟的时序列，是指细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。 mo...
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分组是不是有点问题
edgeR
edgeR 主要是利用了多组实验的精确统计模型或者适用于多因素复杂实验的广义线性模型。 前者叫做“经典edgeR”， 后者叫做”广义线性模型 edgeR“。 定义的read数...
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对于分类之后的行顺序，能否导出来呢？
R语言：手把手教你画pheatmap热图
R语言：手把手教你画pheatmap热图 微生态 导读： pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类，但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和clus...
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请问下eclip呢？
CLIP的研究方法
CLIP的英文全称为cross-linking immunoprecipitation，即交联免疫沉淀。 是一种利用紫外交联技术，将RNA与蛋白之间互作的弱作用力（如范德华力...
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这个不是全局的吧
一个有意思的R小函数-sweep
刘小泽写于19.7.17哇，一转眼好多天没更新啦，不行不行要向隔壁花花学习。如果你不知道花花是谁，请关注我们的公众号“生信星球”今天学习到了一个函数sweep 前言 对数据框...
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你的代码有个问题，在‘ha <- HeatmapAnnotation(annot_df, col = col, show_legend = FALSE)’这个命令中，会报错，因为在heatmapannotation函数是需要name这个信息的，请校验。
R语言学习笔记之热图绘制
TaoYan 简介 本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatma...
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@bio_meow 如果按照您这样说，vsd转换后不能后续的表达差异分析了，那么这个在使用这个包，什么时候做的normalize呢？还是不需要做呢？
DESeq2详细用法
1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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