00 缘起 最新的R 3.5 版本特别难安装,而且很多新的包只能在R3.5版本上工作。之前用 make source 的方式总是出错,R3.5的更新依赖太多,需要安装很多依赖...
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一、背景介绍 通常,BED文件的overlap/intersect的操作,可以BEDtools intersect功能完成overlap和统计:Bedtolols inter...
今天介绍和测试这款关联ChIP-seq、RNA-seq分析软件,BETA(Binding and Expression Target Analysis)。 该分析整合了ChI...
我们都知道ChIP-seq生物信息分析流程主要涉及:数据过滤、序列比对、检峰、模体(motif)分析。其核心的问题是寻找可靠的motif,也即转录因子结合位点结合的序列特征。...
翻译是非常重要的生物学过程,为了获取核糖体瞬时的翻译状态,需要获取其翻译的“足迹”信息。核糖体足迹(Ribosome footprints)定义:mRNA fragments...
ATAC文库构建通常借助Illumina的Nextera®(Illumina)试剂盒,然而Nextera文库涉及的序列不同于其他形式的文库。 ATAC试验的模式图 Tn5切割...
文章目的 随着单细胞的研究越来越火热,利用转录组学对单细胞进行聚类命名的需求也越来越高,基因在不同细胞中选择性表达造成了细胞的多样性,因此,对细胞进行命名关键点在于分析这些选...
发现一篇帖子很受用,转载至此,别无它用,侵删。 一、关于 Dockerfile 我们知道 Docker 镜像的生成方式有两种,一种是基于现有容器进行 commit 生成一个镜...
什么是GRO-seq? 来自灵魂的拷问 GRO-seq(Global nuclear Run-On sequencing)是一种专门测量新生RNA(nascent RNA)的...