你设计的引物是否有用？在做实验之前可以做一个电子PCRqPCR引物设计+在线验证 方法一：NCBI上-probe1.之前NCBI上有一个probe选项可以直接设计引物，上面会...
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2022-03-16引物设计及在线验证 -
使用Trinity进行转录组组装Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据 转录组组装工具，包括三个模块， Inch...
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这里我没有写清楚，其实是为了完整复现文章，最后采用文章提到的SCTranscform，为不是NormalizeData ==> FindVariableFeatures ==> ScaleData。而且，我这里是重新创建了Seurat 对象：scRNA = CreateSeuratObject(sce.big@assays$RNA@counts,meta.data = cellinfo)#重新创建Serurat object
单细胞流程复现
最近有点时间，打算复现一篇单细胞的文章。记于2023/03/28参照文章：Single-cell RNA landscape of the osteoimmunology m...
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自己编写的用于Bilibili的油猴脚本
最近高强度使用Bilibili网页版，为了使一些常用的操作更为便捷，于是写了一些油猴脚本。油猴脚本的具体使用方法见GreasyFork网站[https://greasyfor...
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gcPathogen概述近期发布的gcPathogen是一个整合了人类相关病原微生物的综合类网站。该网站有几个有特点： 该网站内的病原微生物来自一些权威官方。比如WHO、中国疾控中心、美国疾控中心等...
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NCBI数据下载的几种方式
使用wget常规下载 使用aspera下载 参考：秘籍 | 惊了，使用aspera下载SRA数据速度高达 291Mb/s - 简书 (jianshu.com)[https:/...
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聊聊“基因组共线性”最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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平均氨基酸均一性（Average Nucleotide Identity, ANI）写错了
5-【ANI、AAI、dDDH】的安装和使用（2021.2.4）
安装时间：2021.2.4 1. 简介 目前原核生物常用的分的界定标准有三种，包括基因组之间的平均氨基酸均一性（Average Nucleotide Identity, AN...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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Dream it. Wish it. Do it.【送给所有支持我的小伙伴们】距离第一篇简书笔记（2019-8-20）已经一年有余了，本来是想在一周年的时候写一篇心路历程的，后来一想，还是等到粉丝数破千的时候再写更有意义。因为正是这些支持我的小伙伴们的...
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一套键鼠控制两台主机--Mouse without Borders你是否有两台电脑但是放两套键盘和鼠标十分占据空间的烦恼呢，今天就实现一套键鼠控制两台主机，转接器通通扔掉，多余的键盘扔掉，两个字舒畅！ 提示：这里所说的是控制两台主机，而不是...
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如何在NCBI下载数据（包括批量下载）？NCBI（National Center for Biotechnology Information）https://www.ncbi.nlm.nih.gov/[https:...
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Featurecounts：比对计数工具
按道理，featurecount应该是转录组分析中最基本的工具，但由于没有深挖其中的参数，前段时间在用它处理转录组数据时还是吃了大亏。现在将一些常用的参数记录下来： 首先在计...
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@懒惰的小黄牛 你可以直接使用conda构建一个R的环境，并将Rstudio-server链接到该环境的R版本下；当R包安装或者使用出现问题时，也可以考虑使用conda安装该R包
服务器Rstudio-server的搭建
Rstudio-server的搭建 Rstudio-server可以通过Rstudio网页端来远程连接Linux服务器并操作R来处理数据。 RStudio Server en...
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RagTag：同源锚定延申将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided）；** 即用近缘或者同一物种的基因组染色...
