Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]创建Seurat对象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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R-Seurat单细胞数据分析流程 -
快速修剪-多序列比对结果-构建靠谱的进化树写在前面 年初在汕头婚宴上，我问一个朋友，现在在做什么工作。他回复了我： 但行好事，莫问前程。 现在看来，挺好。 构建进化树的基础是序列对齐，或者说多序列比对。做序列对齐的主...
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使用SnapATAC分析单细胞ATAC-seq数据（一）: SnapATAC简介与安装SnapATAC简介 SnapATAC (Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq) 是一个能够快速、准确和全面分析单细胞A...
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picard 使用
https://broadinstitute.github.io/picard/picard-metric-definitions.html[https://broadins...
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单细胞转录组数据分析流程回顾一下：什么是单细胞转录组测序技术？ 细胞异质性是生物组织的普遍特征。由于传统的转录组测序(RNA-Seq)技术的测序水平是在个体或群体水平上对数万个细胞进行转录组测序，因...
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recos基因组及共线性可视化简介 这篇简文主要介绍一下recos软件的安装，以及该软件可以绘制什么样的基因组共线性图。与circos类似，它可以将基因组之间的共线性和基因组的相关特性展示到图中，不同的是...
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GBKviz：可能是easyfig最好的替代GBKviz 是一个基于 web 的 Genbank 数据可视化和比较工具，使用 streamlit web 框架开发。 GBKviz 允许用户在用户指定的基因组区域（PNG...
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用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding
背景介绍 在得到初步的组装结果之后，如果手上有10x genomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的...
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一套比较简便的基因组组装流程V2.0
之前写过 一套比较简便的基因组组装流程[https://www.jianshu.com/p/a736b1b4b188]，时间快2年了，现在新技术，新方法出来了，有更好的的方法...
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提取bam/sam文件指定区域reads
若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。 首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体...
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宏基因组标准流程--metaWRAP1. metaWRAP简介 [MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRAP "MetaWRAP")旨在成为一个易于使用的宏基因组数据...
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利用quickmerge对基因组组装的contig去重
quickmerge是一个用来去除基因组组装中的重复的软件。 该软件没有单独的文章，是作为某个基因组组装中的衍生脚本。该基因组文章是 Improved Genome Asse...
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FinisherSC升级基因组—你还在用MUMmer3?软件介绍 FinisherSC 是一个能够利用三代测序的 raw subreads 对基因组进行升级的软件。其是一个Python写的软件，能够并行化调用MUMmer软件进行序...
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structure绘图（Rscript）pophelper（R 包） Usage:Rscript ../../script/draw_admixture.R order admixture.fam root_tes...
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使用element_text在ggplot2中自定义文本ggplot2的主题系统可以让我们更好的控制图形非数据元素的细节，通过更加精细的修改来提升图像的美感，ggplot2 的主题系统[https://ggplot2-book.o...
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基因家族分析（3）进化树构建及美化基因家族树构建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，构建进化树之前，需要进行多序列比对。 多序列比对 多序列比对的作用是将核酸或者氨基酸序列对齐，使得相同残基的位点位于同一...
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10X空间转录组聚类分析回顾之SpaGCN(结合基因表达信息、空间位置和形态学)隔离的第九天，孤独仍在，但亦师亦友，今天我们来回顾一下10X空间转录组聚类的分析软件SpaGCN，这个软件之前分享过，文章在10X空间转录组聚类分析之图卷积网络（graph ...