前言 很多时候，我们分析完差异表达基因后，发现会得到一大堆差异基因，常见的做法有降低Pvalue的阈值，挑选fold-change最大的基因，做通路富集然后挑重要通路上的基因...
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用随机森林算法进一步筛选差异表达基因 -
使用python机器学习（五）-scikit-learn解决机器学习问题，最困难的部分通常是找到合适的算法模型，不同的算法模型适合于不同类数据和不同的问题。scikit-learn提供的主要功能就是主要关注数据建模，而非加载、操作...
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bedtools intersect简单介绍整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 一般而言，我们获得了MACS的peak calling结果时，我们会想探...
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基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast 基因组的序列提取，详情请看我之前的教程https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4[...
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RNA-seq分析（四）pathway analysis1. Gene_ID转换 手动把差异表格中基因那一列（如gene-Q0020，gene-替换掉 ），在gene_id那一列加上列名ENSEMBL，另存为csv格式再上传至服务...
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19.大麦不同基因版本id转化方法一、 少数基因可以利用网站直接进行替换 主要用的网站ensemble plant Hordeum_vulgare - Ensembl Genomes 53[https:/...
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全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）20210313更新版
时隔一年多，于今日（20210313）再次更新教程，后续如果新出教程的话会一直更新。 同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的「你们」~ by 「橙子牛奶糖（陈文燕）」 1....
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群体遗传笔记（一）：群体间选择信号的检测及GO注释从获取下机数据做质控、比对，到calling snp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4.0和全基因组数据分析实践（上），还有Samtools+bcf...
