北京基因组所研究生<br><br>Focus on Bioinformatics and Machine-Learning<br><br>Follow me on Github: <a href="https://github.com/Ming-Lian" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/Ming-Lian</a><br><br>跳出局部最优，搜索全局最优
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命令conda install -c bioconda deepvariant=1.4
装软件装到自闭之DeepVariant
DeepVariant安装 官方首推用docker装，没有root权限装个锤子；然后是从源码装，源码是基于Ubuntu的，我用的是CentOS；实在不行就用二进制文件装，我菜...
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安装deepvariant时，出现报错信息：UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:
Output in format: Requested package -> Available versionsThe following specifications were found to be incompatible with your system:
- feature:/linux-64::__glibc==2.18=0
- python=3.6 -> libgcc-ng[version='>=7.5.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
Your installed version is: 2.18装软件装到自闭之DeepVariant
DeepVariant安装 官方首推用docker装，没有root权限装个锤子；然后是从源码装，源码是基于Ubuntu的，我用的是CentOS；实在不行就用二进制文件装，我菜...
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@精神秃头生信小伙儿 可以！
Python3 提取CDS
根据物种基因组和注释文件，可以编写脚本，提取特殊的序列结构，完成个性化的分析。本文利用Python3提取拟南芥的最长编码序列，并转化为氨基酸序列输出到文件中。 基因结构 参考...
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ctrl + z 进入后台
使用linux系统lftp软件，下载EnsemblePlants基因组数据库
EnsemblePlants植物基因组数据库有直接的FTP服务器本教程教你如何使用著名的lftp包下载这一大型数据库第一步，安装lftp相关包 第二步，运行lftp 第三步，...
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@精神秃头生信小伙儿 我数据没有假基因的情况 所以忽略了。谢谢 小伙儿
Python3 提取CDS
根据物种基因组和注释文件，可以编写脚本，提取特殊的序列结构，完成个性化的分析。本文利用Python3提取拟南芥的最长编码序列，并转化为氨基酸序列输出到文件中。 基因结构 参考...
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遗传学 博士研究生在读
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Interproscan注释结果有9条，包含多种数据库的注释，不同数据库注释结果也不尽相同，如何解读interproscna的注释结果啊 ？谢谢
interpro 注释结果简单分析及可视化
Interpro数据库 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库， Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam...
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@Mr_我爱读文献 谢谢
学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件
前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
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@Mr_我爱读文献 所以还是通过多序列比对和剪切aa，然后转化成cds的比对，再用paml分析，这个流程吧
学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件
前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
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做正选择分析时，可以使用mafft对cds进行多序列比对吗？如何避免比对过程发生移码？
学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件
前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
