生信工程师
发简信
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你好，我也遇到rpy2报错，但尝试pip install rpy2==1.8.4后，安装不了，显示找不到这个版本，都是2以上的版本。请问，你当时有遇到这个问题吗？
Dapars寻找APA
1.下载ref：https://github.com/ZhengXia/dapars/releases 2.github主页：https://github.com/Zheng...
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请问peaks注释那步bedPeaksFile是啥文件
使用ChIPseeker对找到的peaks文件进行注释
from Jimmy 读入peaks there are 26029 peaks for this data peaks性质 ChIP Peaks over Chromoso...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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HZAU植科院农学本科毕业生<br>HZAU信息学院生信专业硕士毕业生<br>目前就职于国内某知名药企数据分析岗位<br>主要擅长SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>对爬虫、网站搭建感兴趣<br><br>欢迎一起讨论呀~<br>简书不定时查看，有需要欢迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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火起来的“相分离”是什么？相分离或者说相变（Phase separation，Phase Transition）是目前比较火的一个研究领域，已有的研究表明相分离在细胞中普遍存在，与基因组的组装、转录调...
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用pathview包给KEGG pathway涂色
前几天有个客户给过来一个需求，简单说就是一堆基因列表附带数值，需要将其按照数值不同涂色在KEGG pathway上。 这个活儿我还真没干过，记得KEGG官网上有工具，去看了...
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samtools，bedtools1 samtools • SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是转录组，还是表观组， 几乎所有...
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中科院硕博生一枚，用简书来记录自己精读paper和学习生信的过程。
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转录组入门(6)： reads计数要求 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考...
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运行stingtie的时候，如果不选择-e，后面用不了prepDE.py，会报错。那也就是说，prepDE.py只能计算已知转录本的count？
StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析
按：RNA-seq 流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值，DESeq2 分析差异基因。这里把...
