CGenFF网站现已提供python3版本的charmm2gmx脚本，下载链接如下： cgenff_charmm2gmx_py3.py ——2019.10.16. 更新—— ...
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CGenFF产生小分子Charmm力场拓扑文件
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用vmd将gromacs轨迹转换为动画
1 压缩gromacs的trr轨迹文件 #因为trr格式的轨迹文件包含轨迹 坐标x, 速度v和力f的信息(二进制, 全精度, 可移植)，因此占用内存较大。我们把trr格式轨迹...
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受体与配体（小分子）之间的相互作用图-二维相互作用图二维展示 在分析对接结果，以及相互作用力的时候，我们需要一张二维图像来万完美的展示作用力，当然也需要三维的，这次讨论的是二维的作用力展示。 软件： LIGPLOT网...
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GROMACS-20190227
最近在学习分子动力学，先从GROMACS开始。 GROMACS中的一些重要文件 1：Molecular Topology file (.top)¶，分子拓扑文件（.top） ...
