CGenFF网站现已提供python3版本的charmm2gmx脚本,下载链接如下: cgenff_charmm2gmx_py3.py ——2019.10.16. 更新—— ...
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1 压缩gromacs的trr轨迹文件 #因为trr格式的轨迹文件包含轨迹 坐标x, 速度v和力f的信息(二进制, 全精度, 可移植),因此占用内存较大。我们把trr格式轨迹...
相互作用图二维展示 在分析对接结果,以及相互作用力的时候,我们需要一张二维图像来万完美的展示作用力,当然也需要三维的,这次讨论的是二维的作用力展示。 软件: LIGPLOT网...
最近在学习分子动力学,先从GROMACS开始。 GROMACS中的一些重要文件 1:Molecular Topology file (.top)¶,分子拓扑文件(.top) ...