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生存分析（一）-- 生存分析基础 -
OMIM 数据库详细介绍1 OMIM数据库基础介绍 1.1 基础介绍 OMIM数据库，OMIM 为“0nline Mendelian Inheritance in Man”的简称，人类在线孟德尔遗传...
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2021-评估不同软件组合检测ONT数据中germline SV的表现
1.Bolognini, D. & Magi, A. Evaluation of Germline Structural Variant Calling Methods fo...
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也许是得到的是空值，返回的结果不能转换成string.
htslib 的使用( C++ 处理BAM文件）
背景 在处理NGS 数据时，尤其是突变的检测。我们需要对bam 文件进行读写。 目前有相对方便的库 pysam 和 htsjdk ，这两个库提供的api 可以方便python...
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从参考基因组快速读取指定序列
介绍 faidx 是FASTA 和 FASTQ 文件的随机读取索引。 描述 fai index 一般以文件名增加.fai 后缀，作为文件的名称。 fasta 文件 fai i...
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NGS Mapping 软件 Bowtie 算法介绍简介 Bowtie是目前流行的一款DNA、RNA 序列比对软件，开源免费。Bowtie的技术路线基于BWT-FM。BWT-FM 法对内存的消耗很小，被很多工具采用。但是当序列...
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NGS 数据mapping 算法简介
简介 取得测序序列信息后，在有参考基因的情况下我们通过Mapping 到参考基因组进行后续分析；没有则重头拼接序列。 一般而言，基因组的组装将比read alignment ...
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iterm2记住帐号密码一键登录远程服务器目的：快速一键登录远程服务器。 1. 先创建一个脚本待用（ssh登录腾讯云举例） 2. 配置iterm2，菜单栏选择profiles --> Open Profiles（快...
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htslib 的使用( C++ 处理BAM文件）
背景 在处理NGS 数据时，尤其是突变的检测。我们需要对bam 文件进行读写。 目前有相对方便的库 pysam 和 htsjdk ，这两个库提供的api 可以方便python...
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NGS 中 DNA damage 的鉴别背景 这是一篇文献（DNA damage is a major cause of sequencing errors, directly confounding varian...
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IGV 自定义Reads 颜色目的 IGV 经常被用于可视化检查NGS测序数据，尤其提供给人直观的突变信息，大量应用于肿瘤诊断行业以及NGS的科研领域中。 在肿瘤诊断领域，对自动化检查出来的突变，进行IG...
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基因组学中的深度学习全文6,743字，阅读30分钟。 这一篇文章的主题是深度学习在基因组学中的应用情况的。文章较长，读完要花些时间，不过我的建议是通读第一部分——关于如何进行模型训练的内容，读完...
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Pysam BAM操作SAM/BAM/CRAM files class pysam.AlignmentFile filepath_or_object 既可以是 文件路径，也可以是文件对象； 如果输...
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Python replace 函数增加正则支持
Python 的 replace 方法没有正则功能，所以对字符串的替换有局限。 re 模块的 re.sub 可以利用正则进行字符替换，但是使用比较麻烦，字符串多次替换显得笨...
