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从参考基因组快速读取指定序列
介绍 faidx 是FASTA 和 FASTQ 文件的随机读取索引。 描述 fai index 一般以文件名增加.fai 后缀，作为文件的名称。...
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NGS Mapping 软件 Bowtie 算法介绍简介 Bowtie是目前流行的一款DNA、RNA 序列比对软件，开源免费。Bowtie的技术路线基于BWT-FM。BWT-FM 法对内存的消耗很...
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NGS 数据mapping 算法简介
简介 取得测序序列信息后，在有参考基因的情况下我们通过Mapping 到参考基因组进行后续分析；没有则重头拼接序列。 一般而言，基因组的组装将比...
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htslib 的使用( C++ 处理BAM文件）
背景 在处理NGS 数据时，尤其是突变的检测。我们需要对bam 文件进行读写。 目前有相对方便的库 pysam 和 htsjdk ，这两个库提供...
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NGS 中 DNA damage 的鉴别背景 这是一篇文献（DNA damage is a major cause of sequencing errors, directly con...
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IGV 自定义Reads 颜色目的 IGV 经常被用于可视化检查NGS测序数据，尤其提供给人直观的突变信息，大量应用于肿瘤诊断行业以及NGS的科研领域中。 在肿瘤诊断领域，对...
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Pysam BAM操作SAM/BAM/CRAM files class pysam.AlignmentFile filepath_or_object 既可以是 文件路...
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Python replace 函数增加正则支持
Python 的 replace 方法没有正则功能，所以对字符串的替换有局限。 re 模块的 re.sub 可以利用正则进行字符替换，但是使用...