根据之前别人po文中的代码进行，发现行不通 出现了下面这样子的报错： 看了下bioconduct上管理员还是谁回复的说是近期biomaRt上有很多下载大量数据的人，导致速度变...
发简信
IP属地：上海
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biomaRt基因同源转换时 使用中遇到Timeout was reached的解决办法
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如何从CisBP数据库生成ArchR使用的Motif PWM文件1. 下载Cisbp数据库中的motif文件 (1) 下载文件 CISBP数据库[http://cisbp2.ccbr.utoronto.ca] 点击Bulk downloa...
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解决RStudio Server: R is taking longer to start than usual
主要原因：当使用RStudio Server处理占内存极大的数据后，长时间不清理内存，不关闭rstudio，可能会产生此种问题，建议计算完毕后，尽快清理内存。 当再次打开rs...
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读《Computational-method-for-single-cell-data-analysis》跟着运来兄搭建自己的生物信息小书房。趁年轻，读几本硬书，到老了慢慢反刍。 如果让我推荐一本比较全面的单细胞数据分析教材，我想会是《Computational-method-f...
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单细胞数据科学四大过程组两大知识领域与三重境界很多朋友问是如何保持阅读量的，其实，大部分是之前的存货。有一部分是每有会意，把之前的旧书拿出来再翻一翻，做个导图放上来的。今天，我想和大家分享一点最近对单细胞数据科学的理解，...
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使用MAESTRO整合分析scRNA和scATAC
Wang, C., Sun, D., Huang, X. et al. Integrative analyses of single-cell transcriptome a...
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使用lftp上传数据到GEO，贼快！推荐我之前在2021年写过上传数据到GEO数据库获得GEO号[https://www.jianshu.com/p/003ef56dd311]，那时候使用ncftpput上传数据，...
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SCI文章写作以及文章修稿的一点体会情感: 离上次写笔记快半年之久了，这半年来基本都把心思花在了一个课题上。这两日终于把文章修回去了，静下来心来整理这个课题的结果，想着总结自己这半年来文章写作以及文章修稿的一些...
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感谢，好棒呀，最近刚好需要这个！！
如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
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clustree ： 聚类可视化利器我们知道在研究问题时，分组是很重要的，有分组才有故事可讲。比如，两块田一块施肥一块不施肥，可以做比较嘛。在单细胞数据分析中用到较多的数据分组技术是聚类（clustering）...
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STRINGDB包的简单使用String是一个很好的蛋白互作网络数据库，其不仅包含了直接物理作用的互作关系，还包含了蛋白之间以间接作用的互作关系。除了有实验证据支持的数据外，还有整合其他数据库中的互作数...
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如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
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利用Linux下载阿里云以及诺禾云(诺禾致源)提供的测序数据早上在处理数据的时候，发现花的时间比预期多出一半，原本计划45分钟完成，花了一个半小时，当然啦，也有摸鱼的水分在啦，哈哈哈哈，然后我想着还是整理出来一下数据下载流程，这样方便...
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R语言1----桑基（sankey diagram）图的绘制--sankeyD3在生信分析或者一些其他的数据分析中，经常会需要绘制桑基图，在这里推荐一个非常nice的R包-sankeyD3（类似于networkD3，但是比其功能更加完善），其出的桑基图比...
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R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
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CellChat 报错"Error in `levels<-`(`*tmp*`, value = as.character(levels)) : factor level [2] is d...今天在跑CellChat的时候，出现了一个问题"Error in levels<-(*tmp*, value = as.character(levels)) : factor...
个人介绍
爱生活爱学习爱运动的超级无敌郑一一同学。偶尔郁闷，偶尔低沉，但大多数都是积极向上。慢慢学会认识自己的不足，坦然接受自己的平凡，努力去做好手头上的工作，并慢慢去探寻自己喜欢并且热爱的东西。如果我的一辈子注定平凡，那么希望自己享受着平凡而美好的生活