一般还要加上保守序列建树和全基因组建树，才算
单拷贝直系同源基因构建物种进化树最近用Orthofinder做物种进化树，最后出来的物种树的结构跟已发表研究的结果差距较大，在我的印象里Orthofinder软件是用单拷贝直系同源基因进行建树的，然后跟老师...
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IP属地：青海
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DUATION THESIS: 生态环境中的小可爱_枝角类_201905于狮子山-1摘要 枝角类是一种小型甲壳纲动物，是淡水浮游动物群落中的优势生物之一，通常被称为“水蚤”或“红虫”，隶属于节肢动物门、甲壳纲，鳃足亚纲、枝角目。在进化过程中，为了更好的保证种...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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@刘宁华 好的，我试试😀
基因家族扩张或收缩（未完待续）
基因家族扩张或收缩，进化树1[https://www.jianshu.com/p/8c6ef557cc71?from=singlemessage] 2[https://ww...
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非模式物种的一种简单版的go，kegg富集首先推荐Kobashttp://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/[http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas...
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r8s我总是make错误的提示说缺少文件，你是怎么解决的？
基因家族扩张或收缩（未完待续）
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PyCharm激活码前几天pycharm激活时间过期了，想着正好可以用用Notepad++，可能是习惯了pycharm 的自动补全，自动纠错等一系列懒人操作，用了两天各种不习惯，今天就哆嗦着把p...
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DFAST-细菌基因注释的又一选择
之前一直用prokka来注释细菌测序完成后得到的基因序列，一方面是后续分析所用格式大部分都是需要prokka输出的gff，另一方面也是自己先入为主认为prokka就是注释的唯...
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[比较基因组] 基因家族聚类(orthovenn2)orthovenn2[https://orthovenn2.bioinfotoolkits.net/home]image.png 点击startimage.png 选择物种对...
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COG database annotation
Step 1 wget -bc -r -np -nH -nd ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG2020/data/fastawget -b...
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如何获取KEGG Pathway上一个pathway的gene list首先导入相应的R包和数据。（上面程序里用到的几个R包需要用biomanager来安装。）hsa_kegg_anno即包含了KEGG数据库中，所有与人有关的pathway的全部...
